参考学习资料 生物体系计算学习 CP2K安装.pdf

CP2K安装.md2024-07-12

GROMACS_CP2K安装(CPU双精度版本)

不需要显卡，cp2k+GMX主要运算瓶颈在cp2k的QM部分，MM部分的耗时估计0.1%都不到

1.下载解压

1./cp2k/cp2k/releases/#下载必威体育精装版版本即可2024.1

2./current/download.html#下载2022.5版本即可

3./plumed/plumed2/zip/refs/tags/v2.9.0#下载plumed，为gromacs打补丁

4.tar-xfcp2k-2024.1.tar.bz2#解压CP2K

2.安装cp2k

1.依赖安装1.

sudoapt-getinstalllibopenblas-de，libfftw3-dev,libfftw3-mpi-

dev,libibverbs-dev,liblapack-dev,imagemagick

pipinstallSphinx#缺什么依赖安装什么即可

2.检查并更新openmpi和fftw3及其他库版本:

mpirun--version

#mpirun(OpenMPI)4.1.5

#Reportbugsto/community/help/

dpkg-slibfftw3-dev|grepVersion

#Version:3.3.8-2ubuntu8

#低于这两个版本的请更新一下，并及时修改环境变量

#gromacs-2022.5要求openmpi最低为4.1版本，4.0的请更新

#使用fftw3能加速计算

#libxsmmf库安装，该库必须安装，或者在cmake时去掉-lxsmmf-lxsmm两个参

数即可

wget/hfp/libxsmm/archive/refs/tags/1.17.tar.gz

tar-xzf1.17.tar.gz

cdlibxsmm-1.17

make

sudomakeinstall

#构建软连接，不然不识别

cd/home/amax/biosoftware/xsmmf/libxsmm-1.17/lib

sudoln-slibxsmm.alibxsmm.so

sudoln-slibxsmmf.alibxsmmf.so

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CP2K安装.md2024-07-12

echoexport

LD_LIBRARY_PATH=/home/amax/biosoftware/xsmmf/libxsmm-