转录组测序技术原理及应用ppt(共53张PPT).pptx

RNA测序技术原理及应用;遗传的中心法则;什么是转录组？;;测序技术;WorkflowofRNA-Seq;TotalRNA样品检测;检测报告-合格样品;检测报告-不合格样品;WorkflowofRNA-Seq;真核mRNA的纯化;原核mRNA的纯化;mRNA反转录---fragment+RT;末端修复(防止自连）

cDNA3′末端加A

Adapter连接;第一天;WorkflowofRNA-Seq;Application;RNA-Seq(Transcriptome);WorkflowofRNA-Seq(Transcriptome);RNA-Seq(Transcriptome);RNA-Seq

(Denovotranscriptomeassembly);Denovoassembleatranscriptome组装流程;数据产出统计及测序数据的成分和质量评估

组装结果分析（Contig长度分布、Scaffold长度分布、Unigene长度分布）

Unigene（transcript）功能注释

Unigene的GO分类

Unigene代谢通路分析

预测编码蛋白框（CDS）

Unigene表达差异分析（两个或两个以上样品）

Unigene在样品间的差异GO分类（需两个或两个以上样品）和Pathway富集性分析;Denovoassemblytranscriptome信息分析流程;Unigenes的GO注释;Pathway分析;RNA-Seq

(Transcriptomeresequencing);Transcriptomeresequencing比对流程;比对统计

基因表达注释

基因差异表达分析

基因结构优化

可变剪接分析

预测新转录本

cSNP分析;新型安捷伦2200TapeStation?系统是新一代测序（NGS）、生物微阵列芯片分析和qPCR工作流程以及蛋白质纯化和抗体生产过程中对生物样品进行质量控制（QC）的理想解决方案。

数据产出统计及测序数据的成分和质量评估

Backgroundnoise

●?可扩展的通量—16联或96孔微量滴定板

mRNA与磁珠结合后，再用Tris-HCL在加热条件下解离洗脱到溶液中。

WorkflowofRNA-Seq

WorkflowofRNA-Seq

Uptoafew-hundredfold

链霉亲合素包被磁珠+生物素标记Oligo（dT）25+poly（A）

ApplicationsofRNA-Seq

RNA-Seq与基因芯片优缺点比较

●?样品用量少—每次运行仅需要不到2ul样品

预测编码蛋白框（CDS）

转录组研究技术横向比较

6）受数据库数据所限，因探针依靠现有数据库或比较旧的版本的数据库来设计的，可能出现注释不准确的情况;应用---优化转录组注释信息;Genomicintergenicregion;鉴定可变剪接（AlternativeSplicing）;鉴定基因融合;分析RNA水平SNP;36;转录组测序的优势;GenomeRes2010;1.Highlight2.Heat3.Cold4.Salt5.Drought;外包膜蛋白16(AT2G28900);AS调节机制;RNA-Seq单端测序

（Quantification）

等同于数字表达谱(DGE);WorkflowofRNA-Seq单端测序（Quantification）;RNA-Seq单端测序（Quantification）

生物信息分析内容;RNA-Seq单端测序（Quantification）信息分析流程;RNA-Seq与基因芯片优缺点比较;case;RNA测序技术原理及应用

长度在36-44bp之间

6）受数据库数据所限，因探针依靠现有数据库或比较旧的版本的数据库来设计的，可能出现注释不准确的情况

实验材料收集：

cDNAorESTsequesing

WorkflowofRNA-Seq

链霉亲合素包被磁珠+生物素标记Oligo（dT）25+poly（A）

新型安捷伦2200TapeStation?系统是新一代测序（NGS）、生物微阵列芯片分析和qPCR工作流程以及蛋白质纯化和抗体生产过程中对生物样品进行质量控制（QC）的理想解决方案。

SNPdetection

●?样品用量少—每次运行仅需要不到2ul样品

新型安捷伦2200TapeStation?系统是新一代测序（NGS）、生物微阵列芯片分析和qPCR工作流程以及蛋白质纯化和抗体生产过程中对生物样品进行质量控制（QC）的理想解决方案。

转录组研究技术横向比较

3）受物种限制，只能检测部分