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软件进行聚类分析实例

NTSYS——UPGMA

第一部分说明文档

Clusteranalysis聚合分析

NTSYSpc最常见的使用是对某些相似或相异矩阵进行各种聚类分析。以下是一个批处

理例子；首先，标准化数据矩阵，其次，计算各列之间的距离系数，第三，采用单链路聚类

方法，第四，计算表面值（超度量）矩阵和相关系数，第五，以散点图形式显示结果并同时

输出距离矩阵。

*stando=data.ntsr=sdata.nts*stando=data.ntsr=sdata.nts

*siminto=sdata.ntsr=dist.ntsc=dist*siminto=sdata.ntsr=dist.ntsc=dist

*sahno=dist.ntsr=tree.ntscm=single*sahno=dist.ntsr=tree.ntscm=single

*copho=tree.ntsr=coph.nts*copho=tree.ntsr=coph.nts

*mxcompx=coph.ntsy=dist.nts*mxcompx=coph.ntsy=dist.nts

*treeo=tree.nts*treeo=tree.nts

*outputo=dist.nts

第二部分实例解析

如果你的数据集包含量纲不一致的变量，则必须要先经过标准化处理，可以用STAND

组件完成。如下图指明了标准化窗口。Test.nts文件将被按行(意味着行为变量)标准化，并

输出标准化文件名为teststand.nts。如果你的变量量纲一致(如，基因序列)或者是定性数据

则不需要标准化处理。

输出结果如下（5个变量的简单统计）

下一步，相似或非相似矩阵数据集必须要在标准化后的数据集上构建，用来衡量各

OTUS（列）两两之间的相似/非相似程度。我们将遇到的问题将是如何选择参数，而且这

步非常重要。SIMGEND组件用于分析基因序列类型的数据，SIMQUAL组件用于分析定性

数据(如，有/无)。下面我们测试的数据将用SIMINT组件来计算距离矩阵。

结果如下图(显示输入和输出文件注解内容)

现在，我们将用SAHN模块来执行UPGMA聚合分析，输入参数如下，注意testTree.nts

为目录树式文件，只有先计算好OTUs之间的表象值（空间距离）方可以进行分析和输出

目录树。

一旦分析成功，树形图标将下NTSYSpc窗口下面显示。

结果仅显示有关输入的参数和信息，点击树形图标将显示如下窗口，如果你有超过

30OTUs，则仅能显示相对应的前30OTUs。右键点击图形打开图形选项窗口，你可以设置

每页显示的OTUs和在哪页显示。

当然，聚合分析好坏常常取决于聚合分析软件，为了验证聚合分析是否能有效的表示

你的距离矩阵，我们将用COPH组件把目录树式数据矩阵转换成空间距离(聚合分析软件产

生的隐式距离)，COPH组件使用如下：

列表仅显示输入文件有关参数信息，下一步用MXCOMP模块来比较testCoph.nts和

testDist.nts文件，MXCOMP窗口如下：

图形显示如下，可以用图形选项来改变点的背景颜色。

另外，下图通常会列出输入参数和文件的信息：

我们仅感兴趣的部分为矩阵相关(就是所谓的表象相关系数)。概率值我们并不感兴趣，

因为它们是基于两个矩阵文件的独立性比较获得的(确切的说，testCoph.nts矩阵文件是基

于聚合分析文件testDist.nts矩阵文件产生的)。