基因组测序技术.ppt

现有的人类遗传图谱1～22号染色体8个家系134个成员X染色体，12个家系170个成员5364个SSR标记2335个位点标记间的平均距离599kb第94页,共122页，2024年2月25日，星期天物理图谱的构建用分子生物学方法直接检测DNA标记在染色体上的实际位置绘制成的图谱称为物理图谱。有遗传图谱为什么还要构建物理图谱？第95页,共122页，2024年2月25日，星期天遗传图谱的缺陷分别率有限人类只能研究少数减数分裂事件，不能获得大量子代个体测序要求每个标记的间隔小于100kb实际是599kb第96页,共122页，2024年2月25日，星期天遗传图谱的缺陷精确性不够经典遗传学认为，交换是随机发生的基因组中有些区域是重组热点倒位、重复等染色体结构变异会限制交换重组第97页,共122页，2024年2月25日，星期天酵母遗传图与物理图比较A遗传图B物理图第98页,共122页，2024年2月25日，星期天物理作图的方法1、限制酶作图2、依靠克隆的基因组作图3、荧光原位杂交4、序列标签位点作图第99页,共122页，2024年2月25日，星期天限制酶作图（restrictionmapping）第100页,共122页，2024年2月25日，星期天限制酶作图（restrictionmapping）第101页,共122页，2024年2月25日，星期天荧光原位杂交

（fluorescentinsituhybridization，FISH）第102页,共122页，2024年2月25日，星期天荧光原位杂交

（fluorescentinsituhybridization，FISH）第103页,共122页，2024年2月25日，星期天荧光原位杂交

（fluorescentinsituhybridization，FISH）第104页,共122页，2024年2月25日，星期天荧光原位杂交

（fluorescentinsituhybridization，FISH）第105页,共122页，2024年2月25日，星期天人类基因组物理图1987年，RFLP图谱，403个标记，10Mb1994年，5800个标记，0.7Mb1996年，17000多个标记，100kb完全适应全基因组测序的要求第106页,共122页，2024年2月25日，星期天遗传图与物理图的整合有些标记既是遗传标记，又是物理标记RFLP标记SSR标记某些基因序列借助这些标记可以将遗传图和物理图整合起来第107页,共122页，2024年2月25日，星期天基因组测序策略有了高密度的基因组图谱，就可以开始全基因组测序了测序的技术飞速发展，现在可以全自动化测序的策略有两个：鸟枪法克隆重叠群法第108页,共122页，2024年2月25日，星期天鸟枪法（shotgunsequencing）第109页,共122页，2024年2月25日，星期天鸟枪法的优缺点优点：不需要高密度的图谱速度快、简单、成本低缺点：拼接组装困难，尤其在重复序列多的区域主要用于重复序列少、相对简单的原核生物基因组第110页,共122页，2024年2月25日，星期天克隆重叠群法（clonecontig）将基因组DNA切割长度为0.1Mb－1Mb的大片段，克隆到YAC或BAC载体上然后再进行亚克隆，分别测定单个亚克隆的序列再装配、连接成连续的DNA分子。这是一种自上而下（uptodown）的测序策略clone-by-clonemethod第111页,共122页，2024年2月25日，星期天两种基因组测序策略第112页,共122页，2024年2月25日，星期天TheE.coligenome第113页,共122页，2024年2月25日，星期天AportionoftheE.colichromosomeshowinggenesandoperons.

Adotindicatesthepromoterforeachgeneoroperon.Arrowsandcolorindicatethedirectionoftranscribtion:darkbluegenesaretranscribedlefttoright,lightbluearetranscribedrighttoleft.Overlappinggene