Softberry网站部分功能介绍1 - 网站策划.docxVIP

--精品

库中找到的模型就会排布在下方，总共有5个模型被找到。第二部分：SELTAG软件简介seltag

库中找到的模型就会排布在下方，总共有5个模型被找到。第二部分：SELTAG软件简介seltag是用于

sfunctionoftwoparts,thepromotersequencealignmentfu

个软件截图，对比的是人肿瘤细胞与人正常

Searchforpromoters/functionalmotifs寻找启动子/功能性序列1.Ns

Softberry网站部分使用功能介绍

摘要

Softberry是专业的在线比对寻找生物启动子和启动子模型的网站，其中有很多功能都是我们在以后的生物信息学研究中将要使用到的，所以我们有必要了解其使用方法，本文主要介绍了它的功能的两个部分，启动子序列比对功能和SELTAG软件的使用简介。

关键词：启动子预测启动子模型SELTAG软件

ABSTRACK

Softberryisaprofessionalonlineprogramwhichlookingforbiologicalpromoterandthemodelofpromoter,therearealotoffeaturesusageonthiswebsitewillbehelpedinourbioinformaticsresearch,soitisnecessarytoknowitsusingmethod,thispapermainlyintroducesitsfunctionoftwoparts,thepromotersequencealignmentfunctionandtheusageofSELTAGsoftwareprofile.

Keywords:promoterpredictionpromotermodelSELTAGsoftware

第一部分：Searchforpromoters/functionalmotifs

寻找启动子/功能性序列

1.NsiteM保守调控基序的识别

将

将FASTA格式的序列输入上面的对话框内，点击显示结果按钮，输出结果：

结果输出后可以看到在已知序列库有2774个基序，所查基序的期望值，统计学显著水平，基序和已知序列同源性水平，基序与已知序列的差异水平等数据。

2.NsiteH在一对保守的同源序列中寻找功能基序

nctionandtheusageofSELTAGsoftwareprofile.Keywords:水平来确定基因的排序；用先进的绘图工具将基因表达谱可视化；利用相似的表达谱寻找一个或多个基因；评估两分析基因表达数据的最完美的工具。它具有以下功能：1.它可以分析所有或选定的基因组或组织；2.

nctionandtheusageofSELTAGsoftwareprofile.Keywords:

水平来确定基因的排序；用先进的绘图工具将基因表达谱可视化；利用相似的表达谱寻找一个或多个基因；评估两

分析基因表达数据的最完美的工具。它具有以下功能：1.它可以分析所有或选定的基因组或组织；2.在复杂选

在对话框内分别输入两条要比较的序列，然后点击下面的显示结果按钮，输出结果：

在结果内可以看到两条序列比对的结果，

在结果内可以看到两条序列比对的结果，期望值，统计学显著水平，最小保守水平，同源水平，变异水平的数据。

3.POLYAH识别3’末端多聚核苷酸尾区域

将FASTA格式的序列输入上面的对话框里，按输出结果按钮，可以得到以下数据：

库中找到的模型就会排布在下方，总共有5个模型被找到。第二部分：SELTAG软件简介seltag

库中找到的模型就会排布在下方，总共有5个模型被找到。第二部分：SELTAG软件简介seltag是用于

④⑤⑥组织⑦⑧通过基因的表达水平或其他在不同的实验中获得的参数来选择基因；通过基因在不同实验中的表达

同（相关）的基因；5.选择特定的基因，如与某些疾病有关的受体或分泌蛋白。seltag允许用户：①②③

lbehelpedinourbioinformaticsresearch,soitisnecessa

输出结果表明所查序列中有两个ployA尾位点被预测到。

4.BPROM细菌启动子的预测

将细菌的所查序列粘贴到此处，点击显示结果按钮，输出结果：

将细菌的所查序列粘贴到此处，点击显示结果按钮，输出结果：

结果显示，我们所查序列的名称和总长度，以及预测出来的启动子所在位置和其对应的分值。

5.PromH(G)在真核生物中利用同源序列进行启动子预测

l