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本发明提供了一种蛋白配体结合亲和力预测方法、装置、系统及存储介质,涉及药物设计技术领域。所述蛋白配体结合亲和力预测方法包括:根据蛋白配体分子构象,获取与蛋白配体分子构象对应的相似配体;进行配体分子对齐;构建微扰图;进行分子动力学模拟获得模拟数据;根据模拟数据进行自由能计算,并得出蛋白配体分子构象与对应的目标靶向蛋白之间的亲和力。本发明提供了一种FEP完整解决方案,将自由能微扰理论、分子动力学和高性能计算相结合,能够以化学精度高效评估蛋白质与配体的结合亲和力,设计和计算过程简便,大大提高了药物设计
(19)国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 116343949 A (43)申请公布日 2023.06.27 (21)申请号 202310370233.X (22)申请日 2023.04.07 (71)申请人 北京深势科技有限
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