呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识解读（下）.pptxVIP

呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识 解读（下）呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识呼吸系统感染临床送检适应证（推荐意见1~6）03呼吸系统感染送检标本类型选择（推荐意见7~12）01呼吸系统感染mNGS检测结果解读（推荐意见13~23）02现存问题及展望（临床规范化应用、耐药基因检测、责任病原微生物判定）04呼吸系统mNGS检测结果解读原则 不同类型标本宏基因组二代测序检出微生物的临床意义解读原则01检出结果需结合临床表现, 实验室检查及胸部影像学02检出结果需结合其他传统微生物报告，并通过其他检测技术进行交叉验证03结合检出微生物的种类、特异性序列数及相对丰度判断其为致病菌、定植菌还是背景菌若单一标本无法判定是否致病微生物，有条件情况下可结合多个不同类型标本的检测结果判断04痰标本或BALF检出上呼吸道常见定植微生物，考虑定植可能性大【推荐13】 若痰标本或BALF检出上呼吸道常见定植微生物，如草绿色链球菌、奈瑟菌属、嗜血杆菌属、普雷沃菌属、韦荣球菌属、罗氏菌属、凝固酶阴性葡萄球菌、肠球菌属、念珠菌属等，考虑定植可能大定植可能大草绿色链球菌瑟菌属嗜血杆菌属普雷沃菌属韦荣球菌属罗氏菌属凝固酶阴性葡萄球菌肠球菌属念珠菌属健康人群鼻咽、口咽部存在定植微生物群1其中一些微生物在健康宿主中也可以在特定情况下致病，如既往病毒感染造成的损害、宿主免疫下降或呼吸道上皮屏障的物理破坏时根据标本来源、微生物的量以及白细胞数量来区分定植和感染是很关键的肺泡灌洗液解读意见检测结果痰液1 Patrcia MT, et al. Bailey and Scott’s diagnostic microbiology. 15th ed, 2021痰标本或BALF检出不存在或很少存在于口腔的病原体，考虑致病可能性大【推荐14】若痰标本或BALF检出不存在或很少存在于口腔的病原体，如嗜肺军团菌、衣原体、 百日咳博德特氏菌、白喉棒状杆菌等，考虑致病微生物可能大致病可能大常见呼吸道致病病原体MTB肺炎支原体沙眼衣原体肺炎衣原体百日咳博德特氏菌军团菌属耶氏肺孢子菌诺卡菌属隐球菌属少见呼吸道病原体土拉弗朗西斯菌鼠疫耶尔森菌类鼻疽伯克霍尔德菌贝纳柯克斯体鹦鹉衣原体布鲁菌沙门氏菌属多杀巴斯德菌此类病原体一旦检出，即使序列数低仍需要考虑致病微生物可能大1需注意某些环境和水源性微生物，军团菌等致病菌也存在水源污染可能，判读需谨慎肺泡灌洗液解读意见检测结果痰液1 Patrcia MT, et al.Bailey and Scott’s diagnostic microbiology. 15th ed, 2021呼吸道标本检出低序列结核分枝杆菌复合群仍需要考虑致病【推荐15】若呼吸道标本检出结核分枝杆菌复合群（MTBC，包括MTB、卡内蒂分枝杆菌、非洲分枝杆菌 和牛分枝杆菌）即使序列数极少，仍需考虑其为致病微生物的可能序列数低仍需要考虑致病结核分枝杆菌复合(MTBC)MTB卡内蒂分枝杆菌非洲分枝杆菌牛分枝杆菌MTB DNA提取困难，污染可能性低，有研究主张种或属水平上至少有1条特异性序列时被认为是阳性 1，2 ，Miao等将MTB特异性序列（属或种水平）在细菌列表中排名前20位时被定义为阳性3当出现低序列的MTB时，可要求检测机构进行复核，或对原始标本使用其他方法验证呼吸道标本解读意见检测结果1 Simner PJ, et al. Clin Infecti Dis, 2018 ,66 (5):778-788.2 Doughty EL, et al. PeerJ, 2014, 2: e585.3 Miao Q , et al. Clin Infect Dis, 2018, 67 (suppl-2) : S231-S240呼吸道标本检出NTM需结合所检出分枝杆菌属排名及种类别考虑【推荐16】若呼吸道标本检出NTM，需结合所检出分枝杆菌属排名情况及种的类别，如常见致病的 鸟胞分枝杆菌复合群、脓肿分枝杆菌复合群、堪萨斯分枝杆菌，考虑其为致病微生物的可能需结合属排名及种类别考虑鸟胞分枝杆菌复合群脓肿分枝杆菌复合群堪萨斯分枝杆菌有研究认为NTM的特异性序列数 (属或种水平) 在细菌列表前10位时被定义为阳性1临床经验建议NTM检出10条以上特异性序列时，考虑感染可能性较大，仅有极少量检出序列时存在标本污染或定植的可能性呼吸道标本解读意见检测结果1 Miao Q, et al. Clin Infect Dis, 2018, 67 (suppl-2): S231-S240.呼吸道标本检出低序列隐球菌属、曲霉属、毛霉属需结合临床证据综合考虑【推荐17】若呼吸道标本检出隐球菌属、曲霉属、毛霉属及其他丝状真菌，若检出序列数较低， 需结合影像学、血清学、组织病