如何读懂一份NGS检测报告.pptxVIP

如何读懂一份NGS检测报告 ;临床应用时，我们常会有诸多疑问;读懂NGS报告，你首先需要知道 报告核心信息有哪些？;核心结构;1：总体小结;2：体细胞变异及解读;突变丰度怎么定义？（组织）;突变丰度在血液检测中的解读： 突变丰度=ctDNA在所有cfDNA中占比 * 突变亚克隆在肿瘤中占比 * [0.5 or 1.0];临床证据级别分为ABCD级;A级证据：FDA批准，如拉罗替尼;C级证据：目前仍在临床阶段，如恩曲替尼;根据不同证据等级推荐靶向药物级别;3：胚系变异关注致病性;遗传相关性肿瘤及其遗传易感基因;4：免疫治疗获益指标：TMB和MSI;;5：样本质控;6：其他信息;当提取核心信息后，如何进一步解读？;临床中单基因/多基因异常的解读“决策树”;无基因变异—全阴报告，首先看质控是否合格;Panel大小限制 朗克8 gene至少检出1个突变的几率约75% OncoScreen 520 gene 至少检出1个突变的几率约 95% 癌种差异 朗克8 gene在肺腺癌阳性率约75%，而在肺鳞癌阳性率约25% 不同癌种的突变谱差异巨大 组织样本的肿瘤细胞占比 病理切片评估有局限性 ctDNA释放过低： 1、全身肿瘤负荷：是否存在远处转移（M1a患者的ctDNA丰度显著低于M1b患者）； 2、是否持续治疗：即药物持续治疗 3、PD的具体情况：缓慢进展或寡病灶进展？ 4、特殊转移部位：单纯脑转移的患者 5、肿瘤DNA释放也存在个体差异性，燃石的整体数据显示，晚期患者血检阳性率超过80%。;敏感基因突变 如：EGFR基因第19外显子缺失、EGFR基因21外显子L858R突变、EML4-ALK融合变异 耐药基因突变 如： EGFR基因第20外显子T790M突变 低频罕见基因突变 如：RET重排、ERBB2基因扩增 下游信号通路基因突变 如：肺腺癌中检测到KRAS，PIK3CA基因突变 临床意义不明的突变;患者临床信息： 病理诊断：IV期肺腺癌 传统分子诊断：EGFR-， ALK-，ROS1- 一线治疗：AP方案化疗1周期，疗效评价PD;单基因异常分析—罕见耐药突变EGFR L747P;患者基因信息： ZW，53岁男性患者，吸烟史10年，200支/年，腺癌，C-T2aNm1b，IV期 转移：右肺门，纵膈内多发肿大淋巴结，右侧肱骨头，右侧第四肋，左侧第三肋，双侧髋骨及坐骨，脊柱转移。 分子诊断结果：ARMS组织检测，结果是EGFR-L858R阳性。 一线， 2016.09.20及2016.10.12行AP方案化疗（培美曲塞0.9DDP 120mg） 疗效：PD。 二线，EGFR-TKI（厄洛替尼）1个月后疾病再次进展;;读懂NGS报告，最后了解 报告是否真实可靠;靠谱的NGS报告：清晰明了的检测信息+详细的质控信息;临床送检样本面临的主要挑战 异种基因组DNA污染 样本错配 人源DNA污染;不够规范的NGS报告1：包含大量化疗预测基因（肺癌）;不够规范的NGS报告2：变异结果分级混乱;×质控不详细-1;NGS检测中的假阳性;科学认知一：肺癌主要驱动基因互斥 ;科学认知一：肺癌主要驱动基因互斥 ;;女性，66岁，EGFR M+，先后经历化疗、一代TKI、三代TKI，确认PD;科学认知二：组织与血液ctDNA不一致过高;科学认知二：肿瘤组织与ctDNA存在异质性，但主要驱动突变应一致?;科学认知三：明确Driver Mutation患者，TMB一般不会太高;Take home Message;谢 谢