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Designed by Morrain 1 基因本体论(Gene Ontology)概览 2 为什么要建立Gene Ontology 解决生物学定义混乱的现象，使各种数据库中基因产物功能描述相一致 使得在不同生物数据库中的查询具有极高的一致性 允许在各种水平查询基因产物的特性 3 Gene Ontology widely adopted AgBase 4 GO(gene ontology)是: 基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库，旨在建立一套适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义(terms)词汇标准。 5 GO语义的分类 分子功能(Molecular Function) 描述在个体分子生物学上的活性，如催化活性或结合活性。 生物学过程(Biological Process) 由分子功能有序地组成的，具有多个步骤的一个过程。 细胞组件(Cellular Component) 指基因产物位于何种细胞器或基因产物组中(如糙面内质网，核糖体，蛋白酶体等)，即基因产物在什么地方起作用。 6 7 语义信息 id: GO:0043473 name: pigmentation namespace: biological_process def: The deposition or aggregation of coloring matter in an organism, tissue or cell. [GOC:krc] synonym:None is_a: GO:0008150 8 9 语义之间的关系 is a、part of (细胞质) (细胞器) (线粒体) (细胞器膜) 10 语义关系之间的推导 is a· is a → is a part of·part of → part of 11 语义关系之间的推导 part of·is a → part of 与is a·part of → part of 12 基因产物的注释 由参与合作的数据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注释 注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物过程，定位等 注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据 13 AmiGO 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 GO的应用 GO的局限性 GO 不是基因序列或基因产物数据库，相反的，GO强调基因产物在细胞中的功能。 GO不能反映此基因的表达情况 用于基因组分析 用于基因表达分析 GO可能的应用 26 GO可能的应用 整合来自于不同生物的蛋白组信息。 判定蛋白结构域的功能。 找到在疾病/衰老中异常表达的基因的功能类似性。 预测与一种疾病相关的基因 分析在发育中同时表达的基因 建立起自动的能从文献中获取基因功能信息的工具。 Designed by Morrain 27 28 为什么要建立Gene Ontology 解决生物学定义混乱的现象，使各种数据库中基因产物功能描述相一致 使得在不同生物数据库中的查询具有极高的一致性 允许在各种水平查询基因产物的特性 29 语义信息 id: GO:0043473 name: pigmentation namespace: biological_process def: The deposition or aggregation of coloring matter in an organism, tissue or cell. [GOC:krc] synonym:None is_a: GO:0008150 30 语义关系之间的推导 part of·is a → part of 与is a·part of → part of 31 基因产物的注释 由参与合作的数据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注释 注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物过程，定位等 注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据 32 基因产物的注释 由参与合作的数据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注释 注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物过程，定位等 注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据 33 基因产物的注释 由参与合作的数据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注释 注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物过程，定位等 注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据