转录组剖析 刘志强.pptVIP

转录组分析 刘志强海洋大学 什么是转录组及转录 录组:一个活细胞所能转录出来的 所有RNA的总和 录组学:是一门在整体水平上研究 细胞中基因转录的情况及转录调控规 律的学科。简而言之,转录组学是从 RMA水平研究基因表达的情况。 二.研究转录组的方法 1.表达序列标签测序(EST) (1)原理 EST是从一个随机选择的cDNA克隆进行5 端和3’端单向一次测序获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分 在数据库中其长度一般从20到7000bp不 尊,平均长度为360±120bp。EST来 源于一定环境 个组织总mRNA所构建的 cDNA文库,因此EST也能说明该组织中各 基因的表达水平 (2)操作流程 组织样品mRNA的提取→逆转录合成 CDNA→构建cDNA文库测序 (3)表达序列标签测序在转录组中的运 用 通过对cDNA文库EST分析可以揭示用 以构建cDNA文库的相应组织或细胞中 mRNA的真正水平,因此可以通过大规 模的EST分析研究表达图谱,以此得出 特定组织类型在特定生理状态或是特 定的发育阶段下基因表达情況。