蛋白质组学概论及数据分析.pptx

1;蛋白质组和蛋白质组学 蛋白质组（PROTEOME） 1994年由Williams和Wilkins提出: The entire PROTEin population expressed by a genOME or by a cell or tissue type 蛋白质组学（proteomics） 研究蛋白质组的科学 ;3;蛋白质组研究中的样品制备 ;样品预分级的主要方法;6;7;1D Gel;9;双向凝胶电泳的基本步骤 1、样品制备（溶解、变性、还原、去除杂质） 2、第一相等点聚焦 3、第二相SDS 4、蛋白质的检测 5、图谱数据化分析 ;2DE的优点 1. 一次可分离上千种10～100 kD分子量的蛋白质 2. 高??敏度和高分辨率 3. 便于计算机分析处理 可进行蛋白质定位、等电点、分子量的鉴定以及蛋白质 的定量；可建立蛋白质数据库；不同的图谱可进行比较和 分析 4. 与分析鉴定方法相匹配 电泳后样品可以转移到PVDF膜上进行N或C端的序列分析 直接进行蛋白质胶内或膜上酶解与质谱分析匹配。 ;2-DE的缺点 ;13;14;15;16;17;质谱仪器的组成;电子轰击电离 Electron Impact Ionization, EI 化学离子化 Chemical Ionization, CI 场电离 Field Ionization FD 场解吸 Field Desorption FD 快原子轰击 Fast Atom Bombardment, FAB 基质辅助激光解析电离 Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization, MALDI 电喷雾电离 Electrospray Ionization, ESI 大气压化学电离 Atmospheric Pressure Chemical Ionization, APCI 表面增强激光解吸电离 Surface Enhanced Laser Desorption and Ionization, SELDI ;质量分析器;质谱仪的主要技术指标 ;;基于质谱的蛋白质组学实验流程;肽质量指纹谱法 (PMF) Peptide Mass Fingerprint;PMF如何产生;Protein A acedfhsakdfqea sdfpkivtmeeewe ndadnfekqwfe Protein B acekdfhsadfqea sdfpkivtmeeewe nkdadnfeqwfe Protein C acedfhsadfqeka sdfpkivtmeeewe ndakdnfeqwfe;构建理论上PMF数据库;实验 (MALDI) Spectrum;实验谱图 vs. 理论谱图;基于PMF鉴定蛋白质;Challenge 1: 质量非唯一性;Challenge 2: 酶切不完全;PMF鉴定法优点;利用串联质谱技术,选择某一质荷比的肽段进行MS/MS分析，将产生的碎片离子的数据进行数据库检索，实现蛋白质的鉴定;;蛋白质组学串联质谱数据分析流程;;v;蛋白质组学串联质谱数据分析流程;;m/z:质量电荷比;根据多肽的序列进行数据库有哪些信誉好的足球投注网站来实现蛋白质的鉴定。多肽序列可以预先输入，也可以根据MSMS图谱中产生的碎片离子通过分析相邻同组类型碎片峰的质量差，识别相应的氨基酸残基，得到多肽的序列或部分序列。;数据库检索 VS de novo预测;数据库检索 VS de novo预测;de novo预测的正确性;;IPI:IP1|VEGA:OTTHUMP00000013879 Tax_Id=9606 Gene_Symbol=NRAS GTPase NRas precursorMTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPMVLVGNKCDLPTRTVDTKQAHELAKSYGIPFIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIRQYRMKKLNSSDDGTQGCMGLPCVVMIPI:IP1|VEGA:OTTHUMP00000162