利用SRAP标记、ITS和叶绿体特异序列对红花种质遗传基础初步分析-生物化学与分子生物学专业论文.docx

中南民 中南民族大学硕士毕业论文 目 录 摘 要 I Abstract III 第 1 章 文献综述 1 1.1 红花种质资源概况 1 1.1.1 红花种质资源简介 1 1.1.2 红花资源的应用 2 1.1.3 红花的遗传多样性研究 2 1.2 SRAP 技术在植物分类学上的应用与研究进展 3 1.2.1 SRAP 分子标记技术简介 4 1.2.2 SRAP-PCR 体系优化 4 1.2.3 SRAP 在基因组学中的应用 5 1.2.4 SRAP 技术应用前景 7 1.3 核基因组 ITS 序列在系统发育学上的研究 7 1.3.1 ITS 序列背景简介与结构特征 7 1.3.2 ITS 序列在裸子植物鉴定中的应用 10 1.3.3 ITS 序列在被子植物鉴定中的应用 10 1.3.4 ITS 二级结构预测 13 1.4 叶绿体基因组特异性序列在系统发育学中的应用 13 1.5 本研究目的与意义 14 第 2 章 材料与方法 15 2.1 实验材料 15 2.1.1 供试材料 15 SRAP 引物 18 ITS 引物 18 叶绿体 petN-psbM、psbM-trdD 序列引物 19 2.2 主要试剂 19 2.3 实验方法 20 2.3.1 红花总 DNA 的提取 20 SRAP-PCR 扩增 20 ITS-PCR 扩增 21 2.3.4 聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳 21 2.3.5 PCR 产物回收 21 2.3.6 感受态细胞的制备 21 利用 SRAP 分子标记及基因组特异性序列对红花资源遗传学的初步分析 2.3.7 目的片段的连接与转化 21 第 3 章 SRAP 技术对红花种质资源遗传多样性分析 23 3.1 引言 23 3.2 结果与分析 24 3.2.1 SRAP-PCR 扩增体系的优化 24 3.2.2 扩增条带多态性 25 3.2.3 遗传相似系数分析 27 3.2.4 聚类分析 30 3.3 讨论 31 第 4 章 基于核糖体 ITS 序列构建红花系统发育树及 二级结构预测 33 4.1 引言 33 4.2 结果与分析 34 4.2.1 ITS 序列 G/C 含量和长度多态性分析 34 4.2.2 ITS 序列区碱基变异分析 35 4.2.3 不同红花种质遗传距离分析 37 4.2.4 5.8S-rDNA 序列变异及其 rRNA 的二级结构分析 39 4.2.5 ITS1 区域序列变异及 RNA 二级结构预测 41 4.2.6 ITS2 区域序列变异及其 RNA 二级结构的预测 43 4.2.7 菊科不同属 ITS 二级预测 46 4.3 讨论 48 4.3.1 ITS 碱基序列变异 48 4.3.2 ITS 序列聚类分析 49 4.3.3 ITS 序列 RNA 二级结构 49 4.4 结论 50 第 5 章 对红花进行叶绿体间隔区 petN-psbM、psbM-trnD 序列分析 52 5.1 引言 52 5.2 结果与分析 52 petN-psbM 间隔区序列分析 52 psbM-trnD 间隔区序列分析 53 5.2.3 菊科植物叶绿体 petN-psbM 序列比对 54 5.3 讨论 54 第 6 章 流式细胞术测红花基因组大小 56 6.1 实验材料、试剂与方法 56 6.1.1 实验材料 56 6.1.2 实验试剂与配方 56 6.1.3 实验方法 57 6.2 结果 57 中南民 中南民族大学硕士毕业论文 6.2.1 流式结果图 57 6.2.2 红花基因组值 59 6.3 讨论 60 第 7 章 总讨论 62 参考文献 64 致 谢 73 附录 A 5.8S rRNA 二级结构 74 附录 B ITS1 RNA 二级结构 77 附录 C ITS2 RNA 二级结构 80 附录 D 流式细胞实验结果 84 附录 E 菊属小红菊 ITS 序列信息及二级结构预测 93 附录 F 菊科不同属叶绿体 petN-psbM 序列 97 附录 G 攻读学位期间已完成或发表的论文 98 中南民 中南民族大学硕士毕业论文 利用 利用 SRAP 标记、ITS 和叶绿体特异序列对红花种质遗传基础初步分析 I I PAGE PAGE IV