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2019-01-19 发布于湖北
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引物探针设计原则.pdf

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引物探针设计原则张远涛 Ph.D. Sr Field Application Scientist Hotline: 800 820 8982 cnmcbsupport@ 定量PCR开发流程选择目标基因 / SNP位点设计探针和引物筛选引物、探针，优化各组分浓度验证完成 © 2010 Applied Biosystems. All Rights Reserved. 选择目的基因/SNP位点 © 2010 Applied Biosystems. All Rights Reserved. 序列查找 © 2010 Applied Biosystems. All Rights Reserved. 引物探针设计 © 2010 Applied Biosystems. All Rights Reserved. 两种实验设计策略 • 正向策略 • 反向策略 – 修改反应条件 – 设计引物适应反应条件 – 适应PCR引物 – 确定标准的化学 – 确定标准的程序 – 设计标准的扩增产物 © 2010 Applied Biosystems. All Rights Reserved. 探针设计指南 • 先设计探针，后设计引物 • 探针的5端第一个碱基不能是G • 基因表达探针Tm值：68-70°C；基因分型探针Tm值：65-67°C • TaqMan-MGB探针长度在13-25bp，TaqMan探针长度13-30bp • 避免同一碱基重复过多，特别是连续4个或更多的G • C比G多的探针效果更好，如果C少于G，选择其互补链 • 多态位点应尽量位于探针中央，可以±3个碱基 © 2010 Applied Biosystems. All Rights Reserved. 为什么要C比G多？反义链：11 C / 3 G 正义链：3 C / 11 G © 2010 Applied Biosystems. All Rights Reserved. 基因多态位点探针中的位置 DO NOT polymorphism PLACE HERE NN N N N N N N N N N N N N N N