华癸中慢生根瘤菌7653r全基因组测序及比较基因组学研究分析-微生物学专业论文.docxVIP

华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书lUlIII 华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书 lUlIII II IIIIIIIII III IIII III II Ul Y256551 5 学位论文 系 如需必威体育官网网址，解密时间 年 月 曰 是否必威体育官网网址 坯 独创性声明 本人声睨所呈交的论文是我个人在导薅指导下进行的研究工作及取得昀研究成 果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书 而使用过的材料，指导教师对此遘行了审定．与我一弱工作的嗣志对本研究所骰的任 何贡献均已在论文中做了明确的说明，并表示了谢意。 研究生签名：三喜矗逸 时间： 孙，弘年 ∥月 ； 丑 学位论文使用授权书 学位论文作者签名：星喜声辟导卿签名：狮 签名班朝：幻洳年多月弓日 签名日期：文夕7f年6月f f疆 华癸中慢生根瘤菌7653R全基因组测序及比较基因组学研宄目录 华癸中慢生根瘤菌7653R全基因组测序及比较基因组学研宄 目录 摘 要 ．i Abstract ．．．．．．．．．． ．． ． ． ．．．．．． ．．． ． ．．．．．．．．．．．．．．． ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． ．． iii 缩略词表(Abbreviation) v 第1章文献综述 l 1．1基因组学发展历史 ．1 1．1．1基因组时代 ．1 1．1．2后基因组时代 ．2 1．2微生物基因组学研究背景 3 1．3微生物基因组学研究技术 3 1．3．1单分子测序技术 ．4 1-3．2基因组结构变异检测 ．5 1．3．3三维基因组学 ．6 1．4微生物基因组研究的应用 8 1．4．1揭示病原菌致病机理 ．8 1．4．2发现病原体及其诊断学 ．8 1．4．3治疗方法以及药物、疫苗开发 。8 1．4．4工农业生产中的应用 ．9 1．5根瘤菌基因组学 9 1．5．1根瘤菌基因组学研究现状 ．9 1．5．2根瘤菌基因组学研究内容 10 1．6华癸中慢生根瘤菌 一14 1．6．1华癸中慢生根瘤菌的特点 14 1．6．2华癸中慢生根瘤菌7653R的特性 15 1．7研究目的与意义 。15 第2章Mesorhizobium huakuii 7653R基因组测序与组装 17 2．1材料和方法 ．17 2．1．1菌株 17 2．1．2基因组DNA的制备 ．17 华中农业大学2014届博士研究生学位(毕业)论文2．1．3基因组测序和组装 华中农业大学2014届博士研究生学位(毕业)论文 2．1．3基因组测序和组装 17 2．1．4质控统计 l 8 2．1．5染色体与质粒序列区分 19 2．1．6序列拼接 19 2．2结果与分析 ．．20 2．2．1基因组组装 20 2．2．2质控统计 2l 2．2．3序列拼接 23 2．2．4数据格式化及GcnBank数据库提交 24 第3章Mesorhizobium huakuii 7653R基因组的初步分析 25 3．1材料与方法 25 3．1．1主要分析软件 25 3．1．2基因预测 ．25 3．1．3氓NA和rRNA预测 25 3．1．4重复序列预测 25 3．1．5功能注释 25 3．2结果和分析 一26 3．2．1 7653R基因组基本概况 一26 3．2．2 RNA预测与分析 28 3．2．3重复序列预测与分析 29 3．2．4基因功能预测与分析 ．．30 3．2．5代谢途径分析 33 第4章Mesorhizobium比较基因组学分析 36 4．1研究对象与方法 一36 4．1．1研究对象 36 4．1．2直系同源分析 37 4．1．3层次聚类分析 37 4．1．4共线性分析 37 4．2结果与讨论 一38 4．2．1基因组基本特征比较 38 Ⅱ 华癸中慢生根瘤菌7653R全基因组测序及比较基因组学研究4．2。2 华癸中慢生根瘤菌7653R全基因组测序及比较基因组学研究 4．2。2 MAFF303099与肱huakuii系统发育关系 ．39 4．2．3宿主特异性 44 4．2．4共生岛动力学与共生质粒起源 59 4．3结{仓 一65 4．4展望 67 参考文献 68 附件 82 论文发表情况 ．．107 至殳谢 ．108 III 华癸中慢生根瘤菌7653R全基因组测序及比较基因组学研究摘要 华癸中慢生根瘤菌7653R全基因组测序及比较基因组学研究 摘要 本论文对华癸中慢生根瘤菌(Mesorhizobium huakuii)菌株7653R的全基因组进 行了测序、组装、拼接和功能注释。基于7653R基因组序列进一步与中慢生根瘤菌 属(Mesorhizobium)内不同种的5株菌(Mesorhizobium h