教你使用NCBI,PDB数据库.ppt.pptVIP

* GSS是基因组DNA克隆的一次性部分测序得到的序列。包括随机的基因组勘测序列、cosmid/BAC/YAC末端序列、通过Exon trapped获得基因组序列、通过Alu PCR获得的序列、以及转座子标记（transposon-tagged）序列等 /main/cn/tools.jsp Gene info: 17号染色体 功能注释：Gene Ontology 结论1 1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定位：17号染色体73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 初步的功能分析：细胞周期，caspase酶的抑制因子，等等。 NM_001168.2：Survivin Human Survivin！ 获取蛋白质的序列信息 Survivin：142aa 结论2 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 获取FASTA序列 FASTA格式的序列 PHI-BLAST: find domain 填入蛋白质的FASTA序列 BIR domain 结论3 Survivin具有保守的功能结构域BIR UniProt: 蛋白质数据库 在人中做BLAST有哪些信誉好的足球投注网站 Survivin：O15392 Survivin的蛋白质信息 功能注释 结论4：功能分析 1. 在瘤形成过程中可能起一定作用； 2. 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； 3. Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。 … 细胞亚定位：胞质，核。 人的Survivin在酵母中有同源物吗？ 提交序列 在酵母中进行序列比对 酵母BIR1: P47134 酵母BIR1的信息 结论5： 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。 PDB：三级结构数据库 Survivin的三级结构信息 Raswin: 三级结构显示 总结 现在，Prof. Gene知道了： 1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定位：17号染色体73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 3. Survivin具有保守的功能结构域BIR 4. Survivin的细胞亚定位：胞质，核，其功能有： (1) 在瘤形成过程中可能起一定作用； (2) 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； (3) Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。等等。 5. 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。 6. Survivin的三级结构已知，在PDB中的标识符为1E31。 作业 某天，Prof. Gene在小鼠(Mus musculus)中又发现了一个与有丝分裂相关的基因,通过DNA测序，得到部分序列： GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT 问题： 1. 这个基因在小鼠中是哪个基因？基因的标识符是什么？这个基因的在基因组上的定位是怎样的？ 2. 这个基因在人中的同源物是哪一个？标识符是什么？ 3. 在人中，这个基因标码的蛋白质是什么？具有什么样的功能？细胞亚定位在何处？这个基因是一个酶吗，什么酶？具有什么样的功能结构域？ 4. 这个基因在酵母中保守吗？如果保守，哪个基因是人中的同源物？ 5. 这个基因在人中的同源物，编码的蛋白质有3级结构的信息吗？如果有，给出在PDB中的标识符。 Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow 生物信息学 第三讲：序列的采集、存储和查询 本章内容提要 1. DNA测序 2. 序