结核分枝杆菌基因组学课件.ppt

How to find function? Conserved Asp and Glu residues 2. “Unknowns” M. tuberculosis genome sequence IS6110 RFLP DNA fingerprinting 根据结核分枝杆菌基因组中存在插入序列IS6110的数目和位置不同，利用限制性内切酶切割IS6110上相应位点并电泳分离，可以得到类似指纹（Fingerprinting）样的特征性条带，这些条带被称为IS6110 RFLP DNA指纹，该项技术为研究结核分枝杆菌基因分型奠定了基础。 Mycobacterium tuberculosis IS6110 RFLP DNA Fingerprinting Spoligotyping Spoligotyping的方法是根据在结核分枝杆菌中存在直接重复区域（Direct Repeat DR区），DR区间的寡核苷酸序列呈多态性而构建的。 具体方法为：采用PCR的方法扩增结核分枝杆菌基因组DNA DR间隔区，引物为DRa: 5’-GGTTTTGGGTCTGACGAC-3’, DRb: 5’-CCGAGAGGGGACGGAAAC-3’。且DRa 5‘末端标记有生物素。PCR产物与已知固定在膜上的43个DR间隔区进行杂交，通过增强化学发光试剂盒进行检测。 Variable number tandem repeat (VNTR) 每个特定的VNTR位点由两部分组成，即中间的核心区和外围的侧翼区。核心区含有至少一个以上称为重复单元的短序列，一般该重复单元的碱基对数目不变，而串联在一起的重复单元的数目是可变的。 Jinghua2_1(ETRA) Growth in C57BL6 mice Current thoughts on H37Rv?RD1 Attenuation mutant re-created Mutant makes less antigens, yet growth impaired The bacteria that makes more antigenic proteins grows better in the host! Mycobacterium tuberculosis Spoligotyping Genotype 分散的重复单位(MIRU)是位于基因间的一种特殊的分散重复序列，根据序列、组成和长度在46到101bp这些情况可将MIRU分为3种。结核杆菌H37Rv基因组中有65个拷贝的MIRU，分布于41个位点，主要位于操纵子的基因之间。MIRU可以以连续重复的形式在不同种细菌中存在不同的拷贝数，由此被用来进行菌型鉴定。 Chromosome of Mycobacterium tuberculosis Hypothetical Strain X and Genotyping of M. bovis Bacille Calmette–Guérin (BCG), the M. tuberculosis Laboratory Strain H37Rv, and Strain X on the Basis of IS6110 Insertion Sequences and Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRUs).  　 　 　 　 　 　 　 JL06238 JL06236 JL06172 JL06139 JL06109 H37Rv 7 JL06056 JL06053 JL06046 JL06001 XJ06183 H37Rv 6 XJ06176 XJ06160 XJ06153 XJ06150 XJ06149 H37Rv 5 XJ06116 XJ06108 XJ06098 XJ06090 XJ06089 H37Rv 4 XJ06060 XJ06056 XJ06052 XJ06042 XJ06040 H37Rv 3 XJ06039 XJ06038 XJ06036 XJ06033 XJ06025 H37Rv 2 XJ06021 XJ06017 XJ06014 XJ06002 XJ06001 H37Rv 1 1000 500 200 100 ETRA_75bp_397bp_3U 1000 500 400 200 100 3 U 2 U 3 U 3 U 4 U 5 U 新型疫苗、免疫学诊断 ESAT-6 CFP-10 新型疫苗 ELISPOT T-SPOT 差异区域