毕业实习之三1目前的生物芯片数据分析技术 生物芯片Gene软件聚类MASAffymetrixPathway基因prbeset.pptVIP

统计分析— GO显著性统计 其它工具 自由检索 BLAST (支持批量序列分析） 如查询人类所有名称或描述含bone的Gene、Protein和mRNA 其它工具—自由检索 其它工具—BLAST （支持批量序列分析） 客户技术支持： 赵建晴：jqzhao@,(010博奥表达谱及miRNA芯片服务） 陈晓红：xhchen@,(010博奥Affymetrix芯片服务） * * * * * * * * * * * * * * * * * 数据光盘说明 博奥生物有限公司 微阵列服务部 光盘中包括以下内容 Original Data Single Array Analysis Comparison Analysis Cluster data Molecule Annotation System Software Report Protocol 项目总结报告.doc DAT CEL CHP Image DATViewer ? Original Data 单张芯片的原始数据（以样品A为例，下同）： A.DAT: 扫描文件(用文件夹中的DATViewer.exe可以打开)； A.CEL: 提数文件，包括每条探针（probe cell）的信号值； A.CHP:是Gcos软件分析CEL文件后产生的文件，包括了每个 探针的定性和定量的数据结果； A.JPG: 芯片的扫描灰度图 ? Single Array Analysis 单张芯片的分析结果： “玉米淀粉合成 expression signal.xls”: 包含Maize 淀粉合成实验组中9个样品中每个基因（probe set）的信号值及状态值； “小麦低温处理 expression signal.xls”：包含Wheat低温处理实验组中15个样品中每个基因（probe set）的信号值及状态值； “玉米授粉 expression signal.xls”：包含Maize玉米实验组中15个样品中每个基因（probe set）的信号值及状态值。 注： signal 表示基因转录产物丰度的信号值 Call 检测值，表示转录产物的几种状态：存在（Present）、不存在（Absent）、临界值（Marginal） Detection p-value 对检测值的信度判断 ? Comparison Analysis-Data “SAM.xls”包括了两组中进行SAM分析后所有基因的结果， Positive genes标记为红色，Negative genes标记为绿色。您可以根据q-value(%) 、 Fold Change 或者Score(d)作为标准挑选差异基因。 “差异基因.xls”是从SAM分析的结果中，用 q-value 5%,并且 Fold Change 2或0.5这个标准筛选出的差异基因(您可以根据您的具体需要调整筛选标准，重新筛选得到你需要的差异基因)。 SAM分析结果中，各个参数的含义为： Gene ID 基因编号 Gene Name 基因名字 Score(d) 统计量，=Numerator(r)/ Denominator(s+s0) Fold Change 差异倍数 ，为2/1 q-value(%) 为该基因被判断为差异基因时的FDR，类似于P-value，差异越显著，q-value(%)越小 localfdr(%) 根据与该基因具有相似统计量的基因所得到的小范围的FDR，通常会高于总的FDR（Current settings/Computed values/False Discovery Rate (%)） ? Comparison Analysis-Data Probe Set ID 探针编号 OMIM OMIM孟德尔遗传病数据库ID Sequence Source 序列来源 RefSeq Protein ID Genbank对应的RefSeq蛋白编号 Representative Public ID Genbank ID RefSeq Transcript ID RefSeq转录ID UniGene ID Unigene ID Gene Ontology Biological Process 对应GO中的生化过程 Gene Title 基因名字 Gene Ontology Cellular Component 对应GO中的细胞定位 Gene Symbol 基因名字缩写 Gene Ontology Molecular Function 对应GO中的分子功能 Chromosomal Location 染色体位置 Pathw