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RAD技术 华大基因 白洁 2012-2-24 RAD技术 RAD （restriction association site DNA）是与酶切位点相关的DNA。RAD 可以 做为一种标签用做定位。通过对RAD tag的测序可以获得RAD tag上的SNP， 用于遗传图谱的构建，从而进行数量性状位点QTL定位。 RAD 是基于新一代测序的一种快速而且高通量的基因分型技术。它能够 降低基因组的复杂度，同时不受参考基因组的限制，操作简便，能够快 速的鉴定出高密度的SNP位点，可以广泛应用于群体的遗传学研究。 RAD应用领域  RAD-Seq 基因组survey （杂合度、重复序列）  RAD-Seq Map （遗传图谱构建）  RAD-Seq （群体进化）  RAD-Seq 其它应用 RAD作图方案 RAD实验流程 1、DNA 提取、RNase处理 2、酶切处理 3、P1 adapter连接 4 、样品的pooling 5、P1接头DNA片段随机打断 5、胶回收300-500bp、500-700bp片段 6、末端修复 7、加“A ” 8、连接P2 adapter 9、PCR扩增 10、高通量测序 RAD信息分析流程 分析方案 基本信息分析 •测序数据基本分析 •RAD tag产出数据统计 •个体RADtag聚类 高级信息分析 •群体RAD tag聚类 •SNP 检测 •遗传图谱构建 定制化信息分析 •QTL定位（需提供表型数据） •遗传图谱整合（需提供原图谱数据） SNP分型 案例 交付指标 SE 51 测序 PE 91 测序 二倍体物种，基因组大小为N bp，基因组大小为4*10 8 bp—3.5*10 9 bp。 与同类技术相比优劣势 技术特点和优势  不需要参考基因组；  时间快：完成图谱构建只需要2~3个月的时间；  图谱精度相对较高；  所需测序的数据量低，所需费用低。特别适合于大样本的研究。 RAD技术发表文章 ①Miller等（Genome Research,2007 ）应用RAD markers在果蝇作图群体 中将一个重组位点快速定位在150kb范围区域。 ②Baird等（PLoSone, 2008 ）通过三刺鱼（96个F2子代加亲本）选用SbfI 酶分别对双亲和子代进行RAD-Seq ，总计获得13,000 SNPs，并且定位得 到两个重要性状。 ③Baxter等（PLoSone,2011）通过对小菜蛾的24个个体（22个回交1代 群体，2个亲本）进行RAD-Seq测序将小菜蛾多杀菌耐药性（孟德尔性 状）定位到W/Z性染色体上，并利用2,878个RAD alleles构建连锁图谱， 获得31个连锁群。 ④Chutimanitsakun等（BM