维氏气单胞菌MreB蛋白的结构分析及其系统发育学意义.PDFVIP

微生物学通报 Feb. 20, 2015, 42(2): 272−279 Microbiology China © 2015 by Institute of Microbiology, CAS tongbao@ DOI: 10.13344/j.microbiol.china.140770 研究报告 维氏气单胞菌MreB 蛋白的结构分析及其系统发育学意义 1* 2 2 沈清清 刘芳 陈红惠 (1. 文山学院 环境与资源学院 云南 文山 663000) (2. 文山学院 化学与工程学院 云南 文山 663000) 摘 要：【目的】认识维氏气单胞菌MreB 蛋白的各级结构，研究 MreB 蛋白的保守性与作为分 子标记工具的可靠性。【方法】应用ProtParam 、PredictProtein 和 SWISS-MODEL 等在线软件分 别分析蛋白的一级结构及理化性质，预测蛋白二级、三级结构；利用 ClustalX 2.0、ESpript 3.0 和MEGA 6 等软件对几类细菌中的MreB 蛋白进行氨基酸序列比对分析和系统发育学研究。【结 果】维氏气单胞菌MreB 蛋白是由346 个氨基酸组成的酸性蛋白，主要定位于细胞膜上；蛋白二 级结构主要由α-螺旋、扩展长链和无规则卷曲结构构成，其中无规则卷曲所占比例最高；同源建 模的结果显示蛋白的三级结构中含有 12 个α-螺旋结构、5 个β-折叠结构、8 个β-发夹结构、22 个β-转角和4 个γ-转角。【结论】获得了维氏气单胞菌MreB 蛋白详细的理化信息，同源建模构 建的模型具有合理的空间结构，PROCHECK 评分较高，为实验研究提供了一定的结构基础；MreB 蛋白具有保守位点与结构保守性，属高保守蛋白，且变异度适宜，可作为分子标记工具应用于细 菌的分类鉴定。 关键词：蛋白，结构，同源建模，比对分析，进化 Structural analysis and phylogenetic implication of MreB protein in Aeromonas veronii SHEN Qing-Qing1* LIU Fang2 CHEN Hong-Hui2 (1. College of Environment and Resources, Wenshan University, Wenshan, Yunnan 663000, China) (2. College of Chemistry and Engineering, Wenshan University, Wenshan, Yunnan 663000, China) Abstract: [Objective] To understand all-level structures of Aeromonas veronii MreB protein, and study the conservation of MreB protein and its reliability as a molecular marker. [Methods] Online software such as ProtParam, PredictProtein and SWISS-MODEL were used to analyze the primary structure and physicochemical properties of the protein, and predict its secondary a