Identification and Characterization of 43 Microsatellite Markers Derived from Expressed Sequence Tags of the Sea Cucumber （Apostichopus japonicus）.pdfVIP

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2018-01-09 发布于浙江
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Identification and Characterization of 43 Microsatellite Markers Derived from Expressed Sequence Tags of the Sea Cucumber （Apostichopus japonicus）.pdf

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Identification and Characterization of 43 Microsatellite Markers Derived from Expressed Sequence Tags of the Sea Cucumber （Apostichopus japonicus）

J．0ceanUniv．China(OceanicandCoastalSeaResearch) D0I10．1007／s11802—011一l814—5 ISSN 1672—5182，201110(2)：185—190 tp．／／www．oldc．edu．cn／xb)wb／ E-mail：xbywb@ouc．edu．cn IlddeennttiifiticcaattiioonnaannddCChhaarraacctt,e~rriizzaattiioonnoofl43MM ilccrroossaatteefllliittee M arkersDerivedfrom ExpressedSequenceTagsof theSeaCucumberA(postichopusjaponicus) JIANGQun，LIQi，YUHong，andKONGLingfeng FisheriesCollege，OceanUniversityofChina，Qingdao266003，China (ReceivedDecember6，2010：revisedMarch14，2011acceptedMarch18，2011) ⑥ OceanUniversityofChina．SciencePressandSpring—VerlagBerlinHeidelberg2011 Abstract TheseacucumberApostichopus／aponicusisacommerciallyandecologicallyimportantspeciesinChina．Atotalof 3056potentialunigenesweregeneratedafterassembling7597A．japonicusexpressedsequencetags(ESTs)downloadedfromGen— Bank．Twohundredandfiftymicrosatellite—containingESTsf8．18％1and299simplesequencerepeats(ssRs1weredetected．The averagedensity ofSSRswaslper7．403kb0fEST afterredundancyelimination．Di—nucleotiderepeatmotifsappearedtobethe mostabundanttypewith apercentageof69．90％．0fthe 126primerpairsdesigned．90amplifiedtheexpectedproductsand43 showedpolymorphism in30individualstested．Thenumberofallelesper1OCUSrangedfrom 2to26withanaverageof7．0alleles． andthe observed and expected heterozygositiesvaried from 0．067to 1．000 and from 0．066to0．959．respectively．Thesenew EST—derivedmicrosatellitemarkerswouldprovidesufficientpolymorphism forpopulationgeneticstudiesandgenomemappingof thisseacucumberspecies． Keywords seacucumber；Apostichopusjaponicus；microsatellite；EST comparativemappingamongdistantevolutionaryorgan。 1Introduction isms(Serapioneta1．，2004)．Expressedsequencetags (ESTs)aresingle-passsequencesofrandomlypicked Theseacucumber(Apostichopusjaponicus)，acom— complementaryDNAclones(Adamseta1．．19911．