gene mapper片段分析说明.ppt

点击左下侧NEW按钮 选中Microsatellite，OK 输入名称C,选中allele 注意这里的bin set是选择前面的而不是输入，其他采用默认值效果较好 点击OK， 点击DONE 设置完成 下面开始分析结果 GENELAB 金莱柏生物 010Gene_lab@.163.COM 进入分析(此引物初次分析) 找到结果保存路径，添加需要分析的结果，先左侧添加到右侧，再从右侧add到软件 添加完成，注意填写analysis methods,panel,size 分析前设置Analysis、panel、size standand（选择电泳时使用的内标名称）选中第一行后点击目录名称整列都变选择后Ctrl+D,就可以一次把全部设置完成 Panel选择完成后点击分析按钮 跳出Project名称，输入便于下次查找的名称，可以继续前面因特殊情况中断的分析 注意右下角分析进程，完成后可以直接点击genotypes看结果 初次使用这对引物结果Allele显示为“？”，需要进入panel添加对应的bin“即长度”回到panel设置中最后一步 添加分析结果后如下，打开11文件夹；点击其中一个marker记住颜色 在点击左下对话框中对应结果显现峰图，注意颜色， 在右上角将不分析的其他颜色点掉，避免干扰分析 鼠标在峰图附近右键出现“NEW BIN”。出现一条黑色竖线，挪动到峰形中间点击左键。跳出新的对话框，显示这个位置峰形的片段大小，点击OK， 依次点击左下角结果名称，看右侧对话框中的峰形是否都覆盖在bin下面，如果没有，需要重新添加新的bin 所有峰形都被bin(灰柱子)后点击OK，回到分析界面，点击绿三角分析 分析后再看Genotypes结果 只存在部分 “？ ” 结果，这个需要导出后找出对应的样品名称和marker名称回到panel下重新看对应的是否有峰形结果，如果有就手工在导出的结果中改写一下数据，如果没有就清空“？”，作为没有结果处理 选择保存路径（不能保存在桌面） 找到导出的文件，用excel打开方式打开.查找没有结果和“?’结果，重新核对后在excel中保存，并保存到目的位置，保存格式为EXCEL。 分析完成 如果是已经分析过的Panel,在后面的样品结果分析时，加入分析数据就可以一次得到很多结果，不需要添加bin，如“？”较多，则可能出现新的多态性，需要在结果中查找添加新的bin，以便导出的结果数据完整。 全部完成 GENELAB 金莱柏生物 010Gene_lab@.163.COM 片段分析 Genelab 金莱柏生物 什么是片段分析?(GeneScan) ??两条PCR引物的一条标记荧光，使PCR产物带有荧光 ??电泳时，PCR产物通过毛细管的时间与其长度成反比，短片段跑得快，长片段跑得慢 ??使用一系列长度已知的片段做分子量标准，得到长度对迁移时间的标准曲线 ??未知样品通过电泳测定出迁移时间，迁移时间再与标准曲线相比较，计算出片段长度，即片段分析 ??如果已知片段长度及颜色与等位基因之间的对应关系，就可以进一步得到样品的基因型，即基因分型 片段分析的电泳和应用 片段分析的每个样品都要与分子量标准（size standard）混合，一起电泳，以精确测定DNA片段的大小 ??根据片段分析的不同参数，可以完成多种应用 –片段长度STR、AFLP –迁移率SSCP –颜色SNP –峰面积相对定量 短串联重复序列（short tandem repeat，STR） 　短串联重复序列（short tandem repeat，STR）又称微卫星DNA（micro satellite DNA），是一类广泛存在于人类基因组中的DNA多态性基因座。它由2~6碱基对构成核心序列，呈串联重复排列。STR基因位点长度一般在100～300 bp之间．因个体间DNA片断长度或DNA序列差异而成高度多态性，在基因传递过程中遵循孟德尔共显性方式遗传。因其基因片段短、扩增效率高、判型准确等特点。已广泛应用于法医学个体识别和亲子鉴定等领域。 （来自百度百科） 检测的机器型号： ABI3730XL 使用的试剂名称：Hi-Di POP7 内标：GS500LIZ （显示橙色）  400HD (显示红色） 遗传标记STR的检测方法 STR结果峰图 可以检测的标记及对应颜色 标记及修饰种类 颜色 5- FAM Blue 5-HEX Green TAMRA-dT Yellow(软件中显黑色) ROX Re