Autok_vina_使用方法.docVIP

Autodock vina 使用方法 需要软件为autodocktool、vina、pymol 需要文件为蛋白质文件：.pdb 小分子配体文件：.mol2 打开autodocktools软件 File Read Molecule *.pdb Edit Charges Add Kollman Charges 确定 Edit Hydrogens Add Hydrogens Polar Only OK WithBondOrder Yes Float Dashborad Widget Atom(pdb name) Grid Macromolecule choose pdb name Select Molecule Grid Grid box 首先把Spacing (angstrom)设为1 然后把 number of points in x-dimension值设在一个合理范围 number of points in y-dimension number of points in z-dimension 使晶格能够囊括所以蛋白质原子 最后把 x center 值设在一个合理范围 y center z center 使晶格中心能够在蛋白质分子中心 把所有值记录在*.txt文件中。 打开Raccoon 软件（此步骤也可以用autodocktools完成） Add ligands *.mol2 (现在Files of type中改成*.mol2) open 此步骤可把.mol2文件批量转化为.pdbqt文件（而autodocktools软件只能单个转化）。 打开终端，进入目的文件夹 首先创建一个*.txt文件（利用步骤1中的*.txt文件的数值），比如： receptor = receptor.pdbqt center_x = 2 center_y = 6 center_z = -7 size_x = 25 size_y = 25 size_z = 25 num_modes = 9 然后把所有小分子配体进行虚拟筛选，利用一下批处理脚本： for f in ligand_*.pdbqt; do b=`basename $f .pdbqt` echo Processing ligand $b mkdir -p $b vina --config conf.txt --ligand $f --out ${b}/out.pdbqt --log ${b}/log.txt done 之前一直在看别人发的帖子，赶脚自己也应该发一个。我是今年5月份才开始接触分子对接的，可以说是从零开始。期间用过DS，Sybyl，最近又开始接触MOE，autodock，vina以及PyRx。由于AUTODOCK是所有文献中引用次数最多的（约30%），而且也是公认对接结果最准确的。所以我就简单讲讲我在autodock，vina学习过程中的一些问题，抛砖引玉！共同学习，共同进步！autodock：安装貌似很麻烦，但是网上都有很多详细的步骤，一步一步来，肯定没问题。在使用过程中，建议大家新建一个文件夹，把autodock.exe, autogrid.exe,以及vina.exe 以及所有对接需要用到的文件都放在这个文件夹，燃用用ADT把该文件夹设置为默认工作路径，这样一来是方便查找对接结果，二来在运行程序的时候也不容易出错。之后就是受体和配体pdbqt文件的准备了，刚开始建议大家一步一步安装教程的方法准备对接文件，如果是虚拟筛选的文件，下面在PyRx里会介绍，用一个第三方软件实现批量转换。文件都准备好了，以及grid box 的参数都设置好了，就运行autogrid，然后设置对接参数，运行autodock，这时候，如果再ADT里直接运行，很