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1.基因组中的序列元件 A基因序列（编码多肽链或RNA的） 编码序列，插入序列和编码序列外的侧翼序列 编码序列包括编码多肽链的序列，5’-和3’-非翻译序列 (5’-UTR, 3’-UTR)，起到调控蛋白质的翻译速率 调节转录产物的半衰期。 5’-GT---内含子---AG-3’（内含子跟外显子间的特殊序列，于内含子的剪接中起到辨认作用。） B基因调控序列（负责调节基因表达的DNA序列） 启动子，位于基因的5(端，能被RNA聚合酶识别并启动其下游基因转录的DNA序列。碱基一般标记为负数 与mRNA第一个核苷酸对应的碱基标记为+1。具有一定的保守性。 增强子，一类能促进基因转录、增加转录效率的顺式作用元件。（顺式作用元件，指能直接与DNA结合蛋白 (DNA-binding protein) 相结合的DNA序列。） C重复序列（在基因组DNA中反复多次出现的相同核苷酸序列） 大部分为非编码序列，小部分为编码序列。 高度（卫星DNA，反向重复序列），中度重复序列，单拷贝或低度重复序列（大多数为编码蛋白质的）。 高度重复 小卫星DNA，由GC-rich核苷酸序列构成，有些核心序列为：GGGCAGGANG（N表示任一，通常一条链为A或G，另一为T或C）。常见种类为 可变串联重复（不同个体的排列顺序及重复次数(长度)差异显著，具有高度的遗传多态性） 端粒DNA（染色体末端的重复DNA区域，通常一条链为G-rich，避免染色体末端融合） 微卫星DNA，又成为简单序列重复（SSRs） 1-6bp串联重复，具遗传多态性，拷贝数多态性，按照孟德尔定律遗传，具高突变型，可致病。 中度重复 散在重复序列，通过RNA介导的转座方式进行扩增，也称作逆转录转座子。非为长散在重复序列和短散在重复序列。 D 其他序列 假基因（没有编码蛋白质功能的、或在细胞内不再具有表达能力的DNA序列） 结构特点，少数，no intron, no promoter/多数，结构类似于功能性基因，但没有终止密码，或移码突变，或丧失编码RNA功能。 CpG岛。 5’端加帽的作用。 ①有助于保护mRNA免于被核糖核酸酶降解； ②协助mRNA的剪接。在剪接第一个外显子时，剪接体的形成需要帽结合蛋白的参与； ③促进mRNA从细胞核运输到细胞浆； ④5(帽结合蛋白复合体参与mRNA和核糖体的结合来起始翻译 3’端加尾的作用。 poly(A)尾可结合一种或多种特殊蛋白，避免mRNA被酶降解，并在翻译过程中具有重要作用。 许多原核mRNA也含有Poly(A)尾，但是此尾的功能是促进mRNA降解，而不是保护mRNA免于被降解。 基因表达的调控规律 基因表达具有时空特异性； 诱导表达和阻遏表达是基因表达调控的普遍方式； 基因表达受顺式作用元件和反式作用因子共同调节； 蛋白质-DNA以及蛋白质-蛋白质的相互作用是基因表达调控的分子基础； 基因表达调控是多层次的复杂调节。 实时PCR的特点： 1、在PCR扩增的每个循环都检测PCR产物的积聚情况。 2、全自动化定量分析PCR产物。 3、不需要取出PCR产物进行电泳分析，减少了污染的机会。 4、可以同时进行多种PCR产物的扩增。 实时PCR的局限性：应用前景 需要一个技术平台，而且试剂非常昂贵。 星号活性 EcoR I在正常情况下识别“-GAATTC-”序列，但在甘油浓度大于5%（v/v）或反应温度较低时识别序列可变为“-AATT-”或“-嘌呤嘌呤AT嘧啶嘧啶-”，这种现象称为星号活性（star activity），以EcoR I*表示。 基因组DNA文库（genomic DNA library）： 包含某一个生物细胞或组织全部基因组DNA序列的随机克隆群体，以DNA片段的形式贮存了所有的基因组DNA信息。 如何从文库中钓取基因 用带有标记的、已知序列的核酸片段 (单链RNA或DNA)作为探针，与待测DNA或RNA 样品进行核酸分子杂交，来检测被测样品中是否有与探针序列同源的目标序列，以及目标序列的量。 转膜、变性、封闭、加入变性的探针、杂交、洗涤、检测杂交体。 cDNA文库以特定的组织或细胞mRNA为模板，逆转录形成的互补DNA（cDNA）与适当的载体（常用噬菌体或质粒载体）连接后转化受体菌形成重组DNA克隆群，这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织或细胞的cDNA文库。cDNA文库特异地反映某种组织或细胞中，在特定发育阶段表达的蛋白质的编码基因，因此cDNA文库具有组织或细胞特异性。PCR引物设计的基本原则： 1.引物与模板的序列要紧密互补。 2.引物自身、引物之间不应存在互补序列。 3.引物不能在模板的非目的位点引发PCR。 PCR引物设计的具体方法： ⑴ 长度：特