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江西理工大学材化学院化工教研室-李立清 一 Chemoffice 简介 2.1.2模板 2.2 ChemDraw绘图实例 2.2.2图形存盘 3.2.4检查结构错误和整理结构式 3.2.5实例练习 3.2.6根据化合物名称得到结构式 3.2.7根据结构得出化合物命名 3.2.8 预测核磁共振化学位移 3.2.9 分析结构估计性质 2.2.10元素周期表 2.2.11 绘制化学反应式 2.2.12 符号、字体和颜色 2.2.13快捷菜单和快捷键 2.2.14绘制实验装置图 四、Chem3D绘图 4.1 Chem3D简介 4.2 建立3D模型 4.3 ChemDraw结构式与3D模型间的转换 4.4 整理结构与简单优化 4.5 显示3D模型信息 4.6改变元素序号与替换元素 4.7 原子和分子的大小 4.8 计算内旋转势能 4.9 Huckel分子轨道 4. 10 MOPAC量子力学计算 作 业 1. 画一个丁烷的立体模型，如下图： （注意：第四个碳原子上的一个氢原子被氧原子取代！） 2. 画一个丙烷的分子结构图，如下图： 3. 计算分子的体积 （1）.建立苯的3D模型。 （2）.执行【Analyze】/【Compute Properties】菜单命令，弹出【Compute Properties】对话框，如图所示。 （3）.在【Available Properties】选项框中，双击【Connollly Solvent-Excluded Volume 【SEV】-ChemPropStd】选项，使之加入到下面的【Selected Properties】框中。 （4）.单击OK按钮开始计算。计算最终结果显示在窗口下面的消息框中。单击右侧的下拉按钮，可弹出消息窗口，如图所示。 计算结果表明，苯分子的熔剂占有体积为0.071292nm3。 C—C单键在保持（109°28′）不变情况下是可以内旋转的，然而这种内旋转是受阻的，必须消耗一定能量以克服内旋转势垒。下面以1，2-二氯乙烷为例计算处于不同构象状态时势能的变化。 （1）.使用单键工具建立乙烷球棍模型。 （2）.使用选取按钮，双击C（1）上的H（4）原子，在弹出的输入框中输入“Cl”，按回车键。 （3）.双击C（2）上的H（8）原子，在弹出的输入框中输入“Cl”，按回车键。这样模型就变成了1，2-二氯乙烷，两个处于交叉位置。 （4）.按Ctrl+A键全选模型，再执行【Tools】/【Clean Up Structure】菜单命令整理模型。 （5）.执行【MM2】/【Minimize Energy】菜单命令，优化能量至最小值。最终得到的1，2-二氯乙烷模型如图所示。 （6）.执行【MM2】/【Compute Properties】菜单命令，弹出【Compute Properties】对话框，如图所示。 （7）.单击Run按钮开始计算。 5.1 轨道工具 s-轨道 单瓣型轨道 d-轨道 dz2-轨道 s-轨道 杂化轨道 p-轨道 s-轨道的绘制 定位原子 选择轨道 点击或 向外按动 单瓣型轨道的绘制 定位原子 点击或 向外按动 选择轨道 p-轨道及杂化轨道的绘制 定位原子 点击或 向外按动 选择轨道 5.2 化学符号 环正、负电荷 一般正、负电荷 阴、阳离子 自由基 H-划 孤对电子 H-点 H-划：表示沿Z轴向平面里进入的氢 H-点：表示沿Z轴向平面外伸出的氢 定位 单击 孤对电子 定位 单击 电荷符号 定位 单击 化学符号的旋转 选择 旋转 旋转角度 Chem3D同ChemDraw一样，是ChemOffice的组成部分，它能很好地同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三维结构。 Chem3D Ultra版还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC97，并能与著名的从头计算机程序Gaussian98连接，作为它的输入、输出界面，能够以三维的方式方法显示量子化学计算结果，如分子轨道、电荷密度分布等。 常用工具都放置在左侧的垂直工具栏中。和ChemDraw相比，Chem3D的垂直工具栏要简单得多。Chem3D的水平工具栏中有显示属性设置选项，单击其右侧的▼按钮可以选择用什么样的模型表现三维分子结构，如图所示。 简单的结构可以采用比例模型、圆柱键模型或球棍模型，复杂一些的结构可以采用棒状模型或线状模型。 Chem3D的文件扩展名为“.c3d”，模板文件名为“.c3t”。除此之外，还可以将3D模型存为其他格式的文件，或者存为图像文件。 显示设置 选择【单键】工具，在模型窗口向右按动 圆柱键模型 线状模型 棒状模型 球棍模型 比例模型 带状模型常用于生物分子