lammps atom_style翻译.docxVIP

使用语法atom_style style args其中：style可取：angle?or?atomic?or?body?or?bond?or?charge?or?dipole?or?electron?or?ellipsoid?or?fullor?line?or?meso?or?molecular?or?peri?or?sphere?or?tri?or?hybrid只有body和hybrid需要设置args（具体参考原文档）使用举例atom_style atomicatom_style bondatom_style fullatom_style body nparticle 2 10atom_style hybrid charge bondatom_style hybrid charge body nparticle 2 5使用介绍定义模拟过程中原子的类型，它会决定原子包括哪些属性。该命令必须在建立模拟盒子（使用命令read_data或read_restart或create_box）之前使用。一定原子的类型被设置了，在模拟过程中就不能在改变了，因此尽量更加通用的类型，以免某些属性没有被包括却被用到了。举例来说，对于bond类型，原子没有角度项，也不能在模拟的过程中为模型添加角度属性。尽量使用更加通用的类型，虽然这可能会因为某些属性没有用到，同时会稍微降低效率，但总比出错好。类型的选择会影响每个原子所能够存储的性质、在计算力的时候处理器间能够交换的性质以及在数据文件中所能够显示并被命令/lammps-command-read-dataread_data读入的性质。下表中列出了每种类型所包括的属性以及会用到这种类型的典型物理体系。所有的类型都包括坐标、速度、原子ID和原子类型。参考命令read_data、create_atoms和set，了解关于如何设置这些性质。anglebonds and anglesbead-spring polymers with stiffnessatomiconly the default valuescoarse-grain liquids, solids, metalsbodymass, inertia moments, quaternion, angular momentumarbitrary bodiesbondbondsbead-spring polymerschargechargeatomic system with chargesdipolecharge and dipole momentsystem with dipolar particleselectroncharge and spin and eradiuselectronic force fieldellipsoidshape, quaternion, angular momentumaspherical particlesfullmolecular + chargebio-moleculeslineend points, angular velocityrigid bodiesmesorho, e, cvSPH particlesmolecularbonds, angles, dihedrals, impropersuncharged moleculesperimass, volumemesocopic Peridynamic modelsspherediameter, mass, angular velocitygranular modelstricorner points, angular momentumrigid bodieswavepacketcharge, spin, eradius, etag, cs_re, cs_imAWPMD注意：通过命令fix property/atom对原子添加它原先没有的属性是可以的，比如分子ID。该命令也允许为原子添加新的由整数或浮点数组成的自定义属性。参考命令fix property/atom，了解更多细节和例子。上面的类型中，除了sphere,?ellipsoid,?electron,?peri,?wavepacket,?line,?tri, and?body定义的是有限尺寸粒子，其他的类型定义的都是点粒子。对于定义为有限尺寸粒子的类型，在设置质量时是对每一个粒子进行的；而对于点粒子，这是对类型进行设置的。sphere：粒子是球形的，每个粒子存有其直径和质量。如果其直径大于0，粒子是有限尺寸的球；如果直径等于0，它是一个点粒子（point particle）。ellipsoid：粒子是椭球体，每个粒子存有一个标记，用来区分该粒子是有限尺寸的椭球还是点粒子。如果是椭球，那么每个粒子就存