盐胁迫下盐穗木差异表达基因的转录组信息分析-生物信息学.pdfVIP

第 １２卷 第２期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１２ Ｎｏ．２ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０ １４ 年 ６ 月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｊｕｎ．，２０１４ － ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１４．０２．０３ 盐胁迫下盐穗木差异表达基因的转录组信息分析 赵　 航，贾富强，张富春，王　 艳∗ （新疆大学生命科学与技术学院，新疆生物资源与基因工程重点实验室，乌鲁木齐 ８３００４６） 摘　 要：盐穗木是一种理想的耐盐模式植物，本文利用生物信息学方法分析盐穗木在盐胁迫下差异表达基因的转录组，为盐 穗木耐盐机理及耐盐关键基因的储备提供理论依据。 基于盐穗木在盐胁迫（６００ ｍＭ ＮａＣｌ）下差异表达的转录组数据，以代谢 通路中基因表达数量最多的７条通路和与胁迫刺激响应相关的共８条通路为主要研究内容，筛选出上调和下调表达差异显著 的ｕｎｉｇｅｎｅ，将其与ＮＣＢＩ数据库中所有物种相关基因进行Ｂｌａｓｔｘ 比对，筛选出通路中上调和下调差异表达最显著的ｕｎｉｇｅｎｅ，同 时对差异表达活跃的ｕｎｉｇｅｎｅ进行分类汇总。 共得到２３ 组差异表达活跃的基因类群，分别是乙烯响应因子、ＷＲＫＹ 转录因 － 子、Ｍｙｂ 转录因子、ｂＺＩＰ 转录因子、葡聚糖酶、６ 磷酸脱氢酶、醛脱氢酶、柠檬酸合成酶、蛋白激酶等，推测这些类群的基因在盐 穗木耐盐机制中发挥重要作用。 关键词：盐穗木；盐胁迫；转录组分析；差异表达 － － － － 中图分类号：Ｑ７５３　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１４） ０２ ０９０ ０９ Ｔｈｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｇｅｎｅｓ ｏｆ Ｈａｌｏｓｔａｃｈｙｓ ｃａｓｐｉｃａ ｕｎｄｅｒ ｓａｌｔ ｓｔｒｅｓｓ ＺＨＡＯ Ｈａｎｇ，ＪＩＡ Ｆｕｑｉａｎｇ，ＺＨＡＮＧ Ｆｕｃｈｕｎ，ＷＡＮＧ Ｙａｎ∗ （Ｘｉｎｊｉａｎｇ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ ＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＲｅｓｏｕｒｓｅｓ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｘｉｎｊｉａｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｕｒｕｍｑｉ ８３００４６，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｈａｌｏｓｔａｃｈｙｓ ｃａｓｐｉｃａ ｉｓ ａｎ ｉｄｅａｌ ｍｏｄｅ ｏｆ ｓａｌｔ⁃ｔｏｌｅｒａｎｔ ｐｌａｎｔｓ． Ｔｈｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｏｆ Ｈａｌｏｓｔａｃｈｙｓ ｃａｓｐｉｃａｕｎｄｅｒ ｓａｌｔ ｓｔｒｅｓｓｗａｓａｎａｌｙｚｅｄｉｎｏｒｄｅｒｔｏｐｒｏｖｉｄｅｔｈｅｏｒｉｅｓｆｏｒ ｉｔｓｓａｌｔ⁃ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｍｅｃｈａｎｉｓｍ．Ｔｈｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｇｅｎｅｓ ｏｆ Ｈａｌｏｓｔａｃｈｙｓ ｃａｓｐｉｃａ ｕｎｄｅｒ ｓａｌｔ ｓｔｒｅｓｓ （６００ ｍＭ ＮａＣｌ） ｗａｓ ａｎａｌｙｚｅｄ ｂｙ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｍｅｔｈｏｄｓ． ７ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｐａｔｈｗａｙｓ ｗｈｉｃｈ ｈａｄ ｔｈｅ ｌａｒｇｅｓｔ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｕｎｉｇｅｎｅｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｓｔｉｍｕｌｕｓ ｐａｔｈｗａｙ ｗｅｒｅ ｃｏｎｓｉｄｅｒｅｄ ａｓ ｔｈｅ ｍａｉｎ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｃｏｎｔｅｎｔｓ． Ｔｈｅ ｈｉｇｈｅｓｔ ａｎｄ ｔｈｅ ｌｏｗｅｓｔ ｕｎ