电气工程学院 生物医学工程 生物信息学 实验三DNA和蛋白质的序列分析.docVIP

生物信息学 实验三、DNA和蛋白质的序列分析 一、实验目的：1、掌握序列分析的基本分析方法2、熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析） 3、了解基因的电子表达谱分析 二、实验设备： PC机，Matlab实验环境，Internet网络；BioEdit和DNAClub软件 三、实验步骤： 1、核酸分析： （1）调用Internet浏览器，并在其地址栏输入Entrez网址：/gquery/gquery.fcgi； （2）在输入栏输入homo sapiens leptin; （3）点击go后显示有哪些信誉好的足球投注网站结果; （4）在有哪些信誉好的足球投注网站结果中选择nucleotide前的数字，显示序列接受号及序列名称等； （5）查找人leptin (obesity homolog, mouse) mRNA序列（提示：NM_000230），点击序列接受号后显示序列详细信息； （6）将序列转为FASTA格式保存 （7）根据从NM_000230了解的基因定位信息查找人瘦素的基因组DNA (Contig) 的序列接受号及序列识别号，点击序列接受号显示序列详细信息； （8）在输入栏输入homo sapiens leptin exon查找人瘦素外显子序列； （9）根据从NM_000230了解的HGNC:6553，进入GENATLAS查找人瘦素5’调控区序列（提示：从10 Kb 5 upstream gene genomic sequence study查找）; （10）按上述步骤用SRS信息查询系统检索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因组DNA、外显子和5’调控区 (promoter) 等核酸序列； （11）将上述核酸序列输入BioEdit和DNAClub软件进行序列基本分析； （12）打开BioEdit软件，点击“help”栏，阅读“contents”； （13）将人瘦素 (leptin) 的mRNA序列输入BioEdit软件进行可读框架分析：打开BioEdit软件→将人瘦素 (leptin) mRNA的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择nucleic acid→点击find next ORF→查看起始密码位置和编码区范围（57→557）； （14）人瘦素 (leptin) mRNA序列与其外显子或基因组序列的比对分析：调用Internet浏览器并在其地址栏输入Blast2网址(/Entrezgorf/bl2/html) →将人瘦素 (leptin) mRNA和外显子的FASTA格式序列分别输入sequence2和sequence1分析框或将人瘦素 (leptin) mRNA和基因组序列的GI版本号输入sequence2和sequence1的GI版本号框→点击Align后显示两序列比对的详细信息→查找mRNA序列上各外显子的位置。 2、序列分析： （1）先打开网址 / （2）点击右边的Blast链接，打开Blast数据库，进入Blast界面 （3）在Basic Blast中选择nucleotide blast （4）在对话框中输入核苷酸序列，在choose search set下的 Database选项中选Others (nr etc.) （5）把网页拉到最下方，点击Blast按钮 （6）在Descriptions 栏下找到Max ident 百分率最高的序列名称 （7）再往下拉，找到Alignments项下第一个序列，可以找到输入序列相关信息 （8）点击 Accession，即能找到更多输入序列的相关信息。 四、思考题 1、归纳对人瘦素(leptin)的核酸序列分析的结果，列出主要的分析结果。 ORIGIN 1 gtaggaatcg cagcgccagc ggttgcaagg taaggccccg gcgcgctcct tcctccttct 61 ctgctggtct ttcttggcag gccacagggc cccacacaac tctggatccc ggggaaactg 121 agtcaggagg gatgcagggc ggatggctta gttctggact atgatagctt tgtaccgagt ...... 10681 ctccttgcag tgtgtggttc cttctgtttt caggcccaag aagcccatcc tgggaaggaa 10741 aatgcattgg ggaaccctgt gcggattctt gtggctttgg ccctatcttt tctatgtc