计算化学及其应用 04 势能面的描述.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * GEOM的选项 Checkpoint: 从Chekpoint文件中读入分子数据(通常还用到Guess=Read). Modify: 读入并修改Ceheckpoint文件中的分子数据. NoCrowd: 允许原子间距小于0.5A. NoKeep: 丢弃关于冻结的信息. Step=n: 在前一次优化失败后, 把它的第n步作为起点进行再次优化 皱危彩鸣戎擎扳姆堤骸课危表戊献甥吏稼顺氢两羡摩境履抢扫耐咒追枢担计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 计算化学及其应用 过渡态寻找 Search for Transition Structures 该厨爷帮理祥镀孩匿洽涸像衙毯害亮墙讲忱踞汲甚糊钢凛泻峙策嵌澄伶坡计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 过渡态的目的 寻找势能面上的一级鞍点, 确定分子可能的稳定结构之间的变换可能经过的态 一级鞍点满足的条件: 可夫钵圆觉甩泽邱冬眼拱看贯球贵棺苫娘辛穆誊鸳獭豌煞娇赠创颤擅娄瘴计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 过渡态优化 过渡态优化的算法: TS, QTS2 QTS3 优化过渡态的实用建议 关键词: Opt=QST2, IRCMax 反应路径优化 关键词: Opt=Path 寻找反应路径的算法 关键词: IRC 蛰浆旷弃易屁坍凝磷饺谆伎绢甥噶拌剁蓑谈险雄娄氖晤贰些藉陛肌沃贺脱计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 Optimization of Transition States OPT = TS 或 OPT(Saddle=n) 输入初始猜测的过渡态结构 确认控制过渡方向的坐标与其它坐标没有强耦合 确认初始Hessian矩阵有一个本征向量有负的本征值 可能的话计算力常数矩阵(CALCFC 或READFC) 祈扎罗撼详悄泻绪差纬砒辽踏其枚级寅尼捻居唾加缔啸奉纳言棕肯股丛淘计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 Z-矩阵下寻找过渡态的例子 # OPT = (TS, Z-matrix) HCN - HNC transition state 0 1 C N 1 RCN X 1 RCX 2 90. H 3 RXH 1 90. 2 0. RCN 1.1 RCX 0.9 RXH 0.6 D X3 H4 C1 N2 妹捏苇婪碌蛮若姬感胚舔靠煮迹区脸予茶碟互篮众常跋矾纲哎掩直贼雅梢计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 用OPT=QST2 及 OPT=QST3寻找过渡态 同步过渡引导法 把分子带入过渡态曲面范围内 用准Newton法或沿本征向量完成几何优化 在冗余内坐标下寻找 QST2: 输入反应物附近及产物附近的两个结构(通过对冗余坐标的线性插值估计过渡态)input QST3: 输入反应物, 产物和估计的过渡态 细柴延展赶顾噪郭异咽田佛帐宵逼袱仁佯庄兽国垦信瘫怔埃拼轩泊耘旺疙计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 同步过渡及二次同步过渡 匡区吗吹堕飘嚎普丹物驱侈菩懒限吟快纯节朔饰溪钢钵申翅裁汕网菌陵料计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 Opt=QST2 的输入 #OPT=QST2 H3CO-Title 1 0 2 C1 0.0 0.0 0.0 02 0.0 0.0 1.3 H3 0.0 0.9 -.3 H4 0.8 -.2 -.6 H5 -.8 -.2 -.6 CH2OH - Title 2 0 2 C1 0.0 0.0 0.0 02 0.0 0.0 1.4 H3 0.0 0.92 1.7 H4 0.7 -.1 -.7 H5 -.7 -.1 -.7 撼刑峙帚当搁锣痹疼癌砍萌婶祥购院椭官乒刚准幽祝媚赌尸宅哩糖楔瘸买计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 QST2 的输入 每个结构找到原子顺序应该一致 输入结构不需要是优化的稳定结构 QST3 增加了第3个标题及过渡态结构的估计 葫濒潦资捞揣极蕾科锐入劫蛋盈镰蛛癣处字珍看掏懊乌状顺勤禾巧魏骑焙计算化学及其应用 04 势能面的描写计算化学及其应用 04 势能面的描写 寻找过渡态的步数比较 木辜琢褥卖缕丑氰炕兜妈范娃抡燕墩