RNASeq简单分析流程及网络资源介绍abc.PDFVIP

RNA-Seq简单分析流程及网络 资源介绍 组别：G10 成员：吴小园 尚丽陈星何兴波 日期：2013-06-21 主要内容 • 简要介绍 • 分析流程及网络资源介绍 • 小结 RNA-seq简介 转录组（Transcriptome ） 广义：所有RNA 的总和，mRNA、rRNA、tRNA及ncRNA； 狭义：细胞所能转录出的所有mRNA 。 基因组层面：碱基数量和组成基本上是不变的，遗传信息也是相对稳定的； 转录组层面：可随着外部环境条件的变化而有所改变。转录组学或转录组研究，则是 在某一个或某一种特定的细胞群在特定的环境条件和发育阶段上所有转录物 的变化情况。 从RNA 水平上研究基因表达变化的方法： 如半定量PCR，定量PCR，基因芯片 RNA-Seq 是基于新一代测序技术的转录组学研究方法，可以形成对该生物样品当前发 育状态的基因表达状况的全局了解。将不同阶段或部位的生物样品的RNA-Seq转录组 进行比较，则可以在转录层面得到基因表达水平的变化——这就形成了表达谱 （Expression Pattern ），针对关键基因则可以构建代谢通路以及相互作用网络。 RNA-seq技术路线 Oligo(dT) 富集 mRNA cDNA末端修 （真核） RNA随机打 随机引物反 复、连接测 去除rRNA 断 转录成cDNA 序接头 总RNA提 （真核及 取 原核） 3端，5端接 小RNA 反转录成cDNA片段 头连接 构建文库及测序 原始数据的质量控制：去除接头、低质量reads /show_product.asp?id=471 分析流程 Reads数据 质量评估 序列比对 转录本构建及定量 表达量差异分析 ●表达差异基因统计 ●GO富集及代谢通路富集分析 ●样本聚类（需要三个以上样本） ●表达模式分析（需要三个以上时间点样本，尽可能多） ●可变剪切分析 ●转录因子分析 ●相互关联蛋白 质量评估 命令行：fastqc sampl1.fa sample2.fa … RNA-seq分析软件 Garber et al. (2011) Nat. M