基于16srrna基因的戈登氏菌演化分析.pdfVIP

第33卷第4期 武 汉 轻 工 大 学 学 报 Vo1．33No．4 2014年 12月 Journal of Wuhan Pol~echnic University DeC．2014 文章编号 ：2095-7386(2014)04-0032-07 DOI：10．3969／j．issn．2095-7386．2014．40．008 基于 16SrRNA基因的戈登氏菌演化分析 雷 航 ，王文靖 ，曾 驰 ，余绍为 ，芦 莲 ，陈高瞻 ，余晓丽 (1武汉轻工大学 生物与制药工程学院，湖北 武汉430023；2南阳市第一中学，河南 南阳473000) 摘 要：探讨 19种戈登氏茵共31株间16SrRNA基因演化关系。利用16SrRNA基因序列进 行相似性分析和同源性比对 ，并运用Neighbor—Joining法构建进化树，进行演化分析。其 中 13 条 16SrRNA基因序列来 自临床分离株，其他 16SrRNA基因序列来 自Genbank。结果表 明：13 株临床分离菌株包含 4株 Gordoniaparaffinivorans，6株 Gordoniabronchialsi和 3株 Gordonia sputi，I临床分离株的相似性百分比为93．5％-99．7％；16SrRNA基因序列在戈登氏菌不同种间 存在较为明显的差异性(2％--6．2％)，可将临床分离株鉴定到种。进化分析结果显示：戈登 氏茵分为两大类群，三种临床分离株在演化上按出现的先后依次为Gordoniabronchialsi、Gor- doniasputi、Gordoniaparaffinivorans。所做研究可为戈登 氏茵相关疾病的流行、预防、治疗和控 制提供一定的参考。 关键词：戈登氏茵；16SrRNA；菌种鉴定；演化分析 中图分类号：Q93 文献标识码：A Phylogeneticanalysisof169 rRNA geneofGordonia LEIHang，‘WANGWen-ring ，ZENChi，YUShao—wei，LULian，CHENGao—zhan，YUXiao—li (1．SchoolofBiologyandPharmaceuticalEngineering，WuhanPolytechnicUniversity，Wuhan430023，China； 2．TheFirstMiddleSchoolofNanyang，Nanyang473000，China) Abstract：Toexplorethephylogeneticrelationshipof19Ggordoniaspeciesbasedof16SrRNA．Thesequencesimi— larityandhomologyalignmentof16SrRNA genesequenceswerecarriedout，andphylogeneticanalysiswasbased onthephylogenetictreeconstructedbyNeighbor—Joining．13genesequenceswerefrom clinicalisolates，andthe otherswereretrievedrfom theGenebank．Theresultsshow that13clinicalisolateswere4Gordoniaparaffinivorans， 6Gordoniabronchialisand3Gordoniasputi．thesequencesimilarityoftheclinicalisolatesrangedrfom 93．5％ to 99．7％ ：thedifferencesof16SrRNA genesequencerangedrfom 2％--6．2％ whichmeantclinicalisolatescould beidentifiedtothespecieslevelby 16SrRNA；theselectedGordonia specie