基于分子标记的宏基因组16srrna基因高变区选择-遥感技术与应用.pdfVIP

应 用 生 态 学 报　 ２０１５年１１月　 第２６卷　 第 １１期　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 － ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｅｃｏｌｏｇｙ，Ｎｏｖ． ２０１５，２６（１１）：３５４５ ３５５３ 基于分子标记的宏基因组１６Ｓ ｒＲＮＡ基因 高变区选择策略∗ １，２ １ １ ２ ３ ３ ２，４∗∗ 张军毅 　 朱冰川　 徐　 超　 丁　 啸　 李俊锋　 张学工　 陆祖宏 １ ２ （ 无锡市环境监测中心站，江苏无锡 ２１４１２１； 东南大学生物科学与医学工程学院生物电子学国家重点实验室，南京 ３ ４ ２１００９６； 清华大学信息科学技术学院生物信息学教育部重点实验室／ 合成与系统生物学研究中心，北京 １０００８３； 北京大学 工学院，北京 １００８７１） 摘　 要　 随着新一代ＤＮＡ测序技术出现，人们能够同时对多个ＤＮＡ 样本的宏基因组进行并 行分析，尤其是以１６Ｓ ｒＲＮＡ基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为 简洁有效的方法． 目前二代高通量测序的读长不能覆盖１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的全长，需要选择一个 有效的高变区进行测序．十多年来，对于１６Ｓ ｒＲＮＡ基因高变区的选择策略没有统一的标准．本 文分析了常用的高变区选择策略，指出不同环境条件是影响高变区选择的重要因素之一．在 此基础上，提出了高变区选择的参考准则，同时建议应对选择的高变区进行有效评估． 关键词　 微生物多样性；１６Ｓ ｒＲＮＡ；新一代测序技术；选择策略 － － － 文章编号　 １００１ ９３３２（２０１５）１１ ３５４５ ０９　 中图分类号　 Ｑ９３　 文献标识码　 Ａ Ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｓｅｌｅｃｔｉｎｇ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ ｒｅｇｉｏｎｓ ｆｏｒ ｍａｔａｇｅｎｏｍｅ⁃ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｒｋｅｒ １，２ １ １ ２ ｇｅｎｅｓ ｂａｓｅｄ ａｎａｌｙｓｉｓ． ＺＨＡＮＧ Ｊｕｎ⁃ｙｉ ，ＺＨＵ Ｂｉｎｇ⁃ｃｈｕａｎ ，ＸＵ Ｃｈａｏ ，ＤＩＮＧ Ｘｉａｏ ，ＬＩ Ｊｕｎ⁃ ３ ３ ２，４ １ ｆｅｎｇ ，ＺＨＡＮＧ Ｘｕｅ⁃ｇｏｎｇ ，ＬＵ Ｚｕ⁃ｈｏｎｇ （ Ｗｕｘｉ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ Ｃｅｎｔｒｅ，Ｗｕｘｉ ２１４１２１， ２ Ｊｉａｎｇｓｕ，Ｃｈｉｎａ； Ｓｔａｔｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙｆｏｒ Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ，Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃａｌ ３ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｓｏｕｔｈｅａｓｔ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ ２１００９６，Ｃ