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第五章 蛋白质序列分析 蛋白质序列的基本性质分析 理化性质分析，疏水性分析，跨膜区分析，信号肽预测，Coil区分析，亚细胞定位 结构域分析及motif有哪些信誉好的足球投注网站 空间结构预测 二级结构及三级结构预测，结构预测方法评价 抗原表位预测分析 B、T淋巴细胞抗原表位预测分析 蛋白质序列的基本性质分析 理化性质分析 分子质量、分子式、理论等电点、氨基酸组成、消光系数、稳定性等理化特性。 例，利用ProtParam工具 /tools/protparam.html 2. 疏水性分析 氨基酸侧链的疏水性用从各氨基酸减去甘氨酸疏水性之值来表示，蛋白质的疏水性在保持蛋白质三级结构的形成和稳定中起着重要作用。 例，利用ProtScale工具 /protscale/ 利用BioEdit软件分析 3. 跨膜区分析 蛋白质含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位在膜上的锚定蛋白或离子通道蛋白。 例，使用TMHMM Server v.2.0在线分析 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ 4. 信号肽预测 信号肽特点：基本长度约15-35个氨基酸，主要有3个domain组成：N-region、H-region和C-region 例，使用SignalP在线分析 http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 5. Coil区分析 蛋白质中由2-7条α螺旋链相互缠绕形成类似麻花状结构的总称； 主要存在形式是2-5条相互缠绕形成的平行或反平行同寡聚体或异寡聚体； 是控制蛋白质寡聚化的元件，转录因子、骨架蛋白、动力蛋白、膜蛋白、酶等； 七肽重复区。 例，使用COILS服务器分析 /software/COILS_form.html 6. 亚细胞定位 根据氨基酸组成可以进行亚细胞定位 不同细胞器多具不同的理化环境，它会根据蛋白质的结构及表面理化特征选择性容纳蛋白质；蛋白质表面直接暴露于细胞器环境中，它由序列折叠过程决定，而后者取决于氨基酸组成。 亚细胞定位的步骤 在线分析工具 例，使用TargetP http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ 结构域分析及motif有哪些信誉好的足球投注网站 1.结构域分析 介于二级和三级结构之间可以明显区分但又相对独立的折叠单元，每个结构域自身形成紧实的三维结构，可以独立存在或折叠，但结构域与结构域之间关系较为松散。 通常由25-300个氨基酸残基组成； 全平行结构域、反平行结构域、α+β结构域、 α/β结构域及其他折叠类型。 利用SMART服务器进行结构与分析 http://smart.embl-heidelberg.de/ 2. Motif有哪些信誉好的足球投注网站 又称模体，是序列中局部的保守区域，或是一组序列中共有的一小段序列模式。两种有哪些信誉好的足球投注网站方法：pattern profile 例，使用PROSITE数据库进行motif有哪些信誉好的足球投注网站 /prosite [RK]-X(2,3)-[DE]-X(2,3)-Y 空间结构预测 1.蛋白质二级结构预测 例用SSPro4.0服务器预测 / Coil无规则卷曲，Helixα螺旋，Extended β折叠。 使用PORTER服务器预测 http://distill.ucd.ie/porter/ 2.蛋白质三级结构预测 （1）同源模建 有哪些信誉好的足球投注网站与目的蛋白序列匹配的模板——同源蛋白，多序列比对； 依次模建目的蛋白结构保守区及相应的主链； 目的蛋白侧链的模建及其优化； 对模建的结构进行优化和评估。 例，通过SWISS-MODEL同源模建 http://www.expasy.ch/swissmod/swiss-model.html 模建评价 比对、模建、模板选择 四级结构模建日志 配合物模建日志 通过CPHmodels同源模建 http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/ （2）折叠识别 原理：将序列“穿”入已知的各种蛋白质折叠子骨架内，通过目的蛋白序列与已知折叠子的逐一比对，计算出未知结构序列折叠成各种已知折叠子的可能性； 折叠子一般包括一个或多个蛋白质超家族； 每个折叠子的结构内核有确定的结构特征； 基于序列同源性很低的蛋白质都可能存在结构相同的折叠子进行预测。 例，通过PHYRE系统进行折叠识别预测 http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/index.cgi （3）从头预测 3.蛋白质结构预测方法评价 三态残基准确率； 残基整体准确率; Matthew系数； 三态片段交迭准确率。 5.4抗原表位预测分析 抗体对位（paratope）和抗原决定簇或抗原表位（epito