氨基酸组分.pdfVIP

第 25 卷　第 1 期 天 津 师 范 大 学 学 报 ( 自然科学版) V o l. 25　N o. 1 2005 年 3 月 　　　　　　 ( ) 　　　　　 Jou rn a l o f T ianj in N o rm a l U n iver sity N atu ra l Scien ce E d it ion M ar. 　2005 文章编号: 167 11114 (2005) 0 1000 105 氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用 谢军民, 杜奇石, 王树青, 李大鹏, 孙　浩 (天津师范大学 生物信息与药物开发研究所, 天津 300074) 摘要: 用化学计量学的主成分分析( ) 法计算和分析了4 种类型( 型、 型、 型和 + 型) PCA 204 个蛋白质的20 种氨基酸在主成分中的贡献. 研究发现, 20 种氨基酸在 4 种类型蛋白质的主成 分中的贡献有明显的不同. 氨基酸在主成分中的贡献体现了4 种类型蛋白质的结构特征, 有深刻 的物理和化学的内在原因. 我们把氨基酸的主成分分析法应用于蛋白质结构类型的预测, 对 4 种 类型的蛋白质都取得了满意的结果. 使用L OO ( leave on e ou t) 检验法, 4 种类型蛋白质的预测正确 ( ) ( ) ( ) ( ) 率分别为: 76. 9% 型 、96. 7% 型 、82. 2% 型 和 78. 3% + 型 , 204 个蛋白质的整体 正确率为 84. 3% , 高于以氨基酸组成为基础的简单距离和欧几里德距离等方法. 关键词: 氨基酸; 蛋白质结构; 主成分分析(PCA ) ; 生物信息学 中图分类号: O 629. 7 1; Q 5 17　　　　　　文献标识码: A Am in o A c id Pr in c ipa l Com pon en t Ana ly s is f or Prote in Structura l Study an d Its A ppl ica t ion in Structure Pred ict ion , , , , X I E J un m in D U Q i sh i W A N G S h u q ing L I D a p eng S UN H ao