食管癌易感新基因c20orf54的生物信息学分析.pdf

食管癌易感新基因 C20orf54 的生物信息学分析 + + 黄志刚 * 洪秋娜 刘养奇 何臻 伦嘉欣 林婉 赖玉仙 杨威 邓俏莲 李戈楠 陈婷婷 广东医学院公共卫生学院，东莞 523808 *通讯作者：黄志刚 email ：hzg71@126.com +黄志刚、洪秋娜为并列第一作者 摘要： 目的：利用生物信息学方法对食管癌易感新基因C20orf54 进行特征分析和功能预测，以获得该基 因及其编码蛋白更多的功能提示。方法：应用Blat 、Blast 、ProtParam、SOPMA、ScanProsite、 SignalP4.1、TMHMM、PSORT 和 UniGene 等软件或数据库, 进行染色体定位、序列的相似性比 较、理化性质、二级结构、亚细胞定位、功能位点识别。采用 RT-PCR 方法，验证 C20orf54 基因 在食管癌细胞和鼻咽癌细胞中的表达情况。结果： C20orf54 基因进化保守，蛋白质不稳定，具 有疏水性，定位于细胞膜，序列中预测有蛋白激酶 C、酪蛋白激酶 II 磷酸化位点和 N-糖基化位 点以及N-豆蔻酰化位点。二级结构主要是 a 螺旋和无规则卷曲。RT-PCR 证实 C20orf54 可在食管 癌细胞和鼻咽癌细胞中表达。结论：人类 C20orf54 蛋白是定位于细胞膜上的不稳定疏水蛋白，可 能在体内参与多种生物学过程，也有可能与肿瘤的发生、发展有关。因此，C20orf54 基因有进一 步研究的价值。 关键字： 食管癌 生物信息学 C20orf54 Bioinformatics analysis of C20orf54, a novel gene associated with esophageal cancer susceptibility + + Huang,Z.G. * Hong Q.N. Liu Y.Q. Lun J.X. Lin W. Lai Y.X. He Z. Yang W. Deng Q.L. Li G.N. Chen T.T. School of Public Health, Guang Dong Medical College, Dong Guan 523808 *Correspondence to: Zhi-Gang Huang, Email:hzg71@126.com. +These authors contributed equally to this work. Department of Epidemiology, School of Public Health, Guangdong Medical College, Dongguan 523808, China. Abstract Objective: To predict the feature and functions of C20orf54, a novel gene associated with esophageal cancer susceptibility, by using bioinformatics methods. Methods Various bioinformatics software and databases such as Bla,Blast,ProtParam,SOPMA, ScanProsite,SignalP4.1,TMHMM,cPSORT and UniGene were used to analyze and predict the feature 1 and possible functions of the C20orf54, which include chromosomal location, sequence similarity comparison, physicochemical properties, secondary structure, subcellular localization and function spaces point identificatio. Results: Bioinformatics analys