茯苓转录组ssr序列特征及其基因功能分析.pdf

• 3558 • 中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 46 卷 第 23 期 2015 年 12 月 茯苓转录组 SSR 序列特征及其基因功能分析 1 1 2 1 1 1* 何 海 ，郭继云 ，马毅平 ，周梦春 ，王 沫 ，舒少华 1. 华中农业大学植物科学技术学院，湖北 武汉 430070 2. 湖北省果品办公室，湖北 武汉 430070 摘 要：目的 分析茯苓转录组中简单重复序列（SSR）信息，以及含SSR 的基因功能，为开发茯苓新型分子标记奠定基础。方 法 利用 MISA 软件有哪些信誉好的足球投注网站转录组 Unigene 及基因组 scaffold 中SSR，对含 SSR 的Unigene 使用 BlastX 比对nr 及 KEGG 数据库， 注释其功能，并聚类分析。结果 在转录组序列中发现 4.57% 的Unigene 序列含有 2 075 个 SSR，平均 17 010 条 Unigene 出现 1 个 SSR，SSR 的平均长度 19.59 bp；而基因组中SSR 的平均密度54.00 个/Mb ，平均长度20.74 bp 。在转录组中发现的241 种碱基 重复模式中，以 (CG/CG)n 比例最高（10.97%）；以六核苷酸类重复数量最多（35.64% ），以 (ACCACG/CGTGGT)14 最长（84 bp）。 在 1 887 条含 SSR 的Unigene 中，115 条能被基因本体（GO ）分类注释到细胞代谢进程、核酸结合等；1 223 条Unigene 能被注释 到219 个 KEGG 通路图中，其中 314 条注释到新陈代谢，297 条注释到遗传信息处理。结论 茯苓转录组 SSR 的类型丰富、多态 性潜能较高，关联功能相关基因的 SSR 开发对茯苓目的性状的分子标记辅助育种具有巨大潜力。 关键词：茯苓；SSR；转录组；生物信息；功能关联 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2015)23 - 3558 - 06 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2015.023.019 Characterization and gene function analysis of SSR sequences in Poria cocos transcriptome 1 1 2 1 1 1 HE Hai , GUO Ji-yun , MA Yi-ping , ZHOU Meng-chun , WANG Mo , SHU Shao-hua 1. College of Plant Science and Technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China 2. The office for development and management of fruit industrialization in Hubei Province, Wuhan 430070, China Abstract: Objective To develop new molecular markers for Poria cocos, and to characterize the SSR in P . cocos transcriptome. Methods The transcriptome Ungenes and genomic scaffolds were examined by the tool of MISA. The gene annotation and gene function cluster were obtained by blasting the Unigenes which contained SSR to the nr and KEGG databases with BlastX. Results A total of 2 075 SSRs were identified in 4.57% Unigene sequences, th