xcms了解和使用.docxVIP

XCMS包用法1.?前期准备数据类型：NetCDF, ?mzXML, ?mzData 。 所以首先需要把自己的文件通过相应的软件转化成这类文件。数据位置：因为xcms会记录下数据所在的位置，并且在数据分析过程中会来回从文件夹中读取数据。所以不要再随意改变数据所在的文件的位置。数据来源：来源不同的数据应当分开进行数据前处理。比如正离子和负离子模式下得到的数据，不同的洗脱梯度下得到的数据。数据存储：xcms可以根据数据所在的文件夹的来识别不同的数据组。比如你想研究某一药物在两组病人间的纵向效应（longitudinaleffect），然后你可以把你的两组数据分别存入命名为group A和groupB的文件夹，这样xcms可以识别这两个组。每个文件夹内你还可以继续细分，比如按时间‘day1’，‘day2’等等。xcms会自动给这些数据命名为groupA/day1， group A/day 2， 等等。 （所以这里你要根据你的数据组来把它们存入不同的文件夹）。如果这里描述的不清楚的话，我会在后面的例子里进一步说明。?下面将会以一个详细的例子来分布解说xcms是如何处理LC-MS数据的。2.?数据分析2.1???文件读取cdfpath -system.file(cdf, package = faahKO)???system.file 作用是寻找包里面文件的路径和全名。这里指的是在叫‘faahKO’的包中找到文件类型为‘cdf’的文件的全名。list.files(cdfpath,recursive = TRUE)[1] KO/ko15.CDF KO/ko16.CDFKO/ko18.CDF KO/ko19.CDF KO/ko21.CDF[6] KO/ko22.CDFWT/wt15.CDF WT/wt16.CDF WT/wt18.CDFWT/wt19.CDF[11] WT/wt21.CDF WT/wt22.CDFlist.files 是读取该路径下的文件夹或文件名，并以字符型向量存储。当然，这两条代码对我们都不重要，它们只是单纯的为了从这个包里面读取数据。2.2???过滤及谱峰检测（filtration and peak identification）Library（xcms）每次使用这个包之前先要加载。cdffiles - list.files(cdfpath, recursive = TRUE, s = TRUE)读取cdf文件，这里如果你要读取你自己的文件，你只要把cdfpath换成你的文件夹所在的位置就行，比如你的数据在文件 D:/data,那你把这里的代码换成cdffiles - list.files(‘D:/data, recursive = TRUE, s = TRUE) 就行（当然还有更方便的方法，不过这个就够用了）。Recursive=TURE 的话，它会递归读取到你文件夹里，如果是False的话就只会读取到文件夹。Fs=TURE的话，你会得到一个包含路径的文件名，False的话只会得到文件名。[1] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko15.CDF[2] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko16.CDF[3] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko18.CDF?[4] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko19.CDF?[5] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko21.CDF?[6] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko22.CDF?[7] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt15.CDF?[8] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt16.CDF?[9] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt18.CDF?[10] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt19.CDF[11] C:/Softwares/R 3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt21.CDF[12] C:/Softwares/R 3.0.1/R