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蛋白质组学的解决方案 内容 蛋白质组学概要及其Thermo Fisher的解决方案 高通量蛋白质组鉴定技术 生物标志物发现技术 Biomarker Discovery 翻译后修饰PTMs 自由地解离技术 Freedom of Dissociation The goal of Proteomics 蛋白质组学研究 vs 传统的单个蛋白研究 蛋白质组学的任务 和 “Bottom-Up”从下而上的方法学要求 Bottom-Up基础：分离手段 SDS：生物学家常用的工具，然后用“拍照”法观察图谱，或离线提取后检测 HPLC：反相色谱常用来分离肽/蛋白，可以在线接检测器(如质谱)检测 Bottom-Up基础：鉴定手段，如何用质谱鉴定一个蛋白质 ？ 测定一个蛋白的分子量，然后有哪些信誉好的足球投注网站数据库：所有生物质谱都有该基本功能，但该方法可靠性很差 蛋白酶解后，测定多个肽段的质量：蛋白质组学的筛选法，由于没有序列信息，可靠性仍不高。这类仪器比如：MALDI-TOF 除了提供前两条功能，还提供大量的肽序列信息：可靠性很高，一般国际认为一个蛋白被测定2个肽序以上，可靠率99%，多种类型的串联质谱都可以做。 如果没有数据库，只能用de novo测序，即从头测序法， 基础：在质谱的序列谱中能看到什么？质谱中的肽段断裂方式 Top-Down测序——新方法，是Bottom-Up的一个有力的补充 Bottom-Up从下至上：先把蛋白酶解成肽段，分段测定指纹序列后，再确定蛋白。 Top-Down是相对于Bottom-Up而言的：蛋白并不经过酶解，完全进入质谱测定全部的信息（如序列，翻译后修饰）。 需要依靠超高性能的傅立叶变换质谱：比如FTICR MS或Orbitrap，但这类型仪器仍极为昂贵。 这种质谱需同时具备： 多级MSn功能、超高质量精度（LCMSn联用常规工作中2ppm）、多种解离方式（CID、ECD、IRMPD、ETD etc）、强大功能的解析软件，Etc. 目前只有少数实验室可以具备该条件。而且，国际上所有具有该种水平的实验室，都有许多其它类型的串联质谱，并有丰富的蛋白质组学研究经验和基础。 Thermo Fisher离子阱系列对蛋白质组学研究的贡献 世界各地的实验室大约有8,000台LCQ/LTQ/LXQ/Orbitrap/LTQ FT；超过1000家实验室正在进行蛋白质、蛋白质组等大分子的相关研究 Thermo Fisher在San Jose的蛋白质组学研究组 Thermo Fisher的BRIMS生物标志物发现研究小组 发表的大量Nature、PANS、Blood等文献 国内的863、973、11.5蛋白质组学项目组，使用大量Thermo Fisher的技术 著名的、购买多套的用户 BIG Names Don Hunt Graham Cooks John Yates Steven Gygi Dan Liebler Vern Reinhold Mark Sanders 购买多台的用户： 中国的蛋白质组学用户 中国科学院蛋白质组学重点实验室（上海生化细胞所） 北京蛋白质组研究中心 Thermo Fisher 的Lab-Free技术在2007 ABRF PRG定量研究中表现极为出色 /prg PRG2007 实验样品设计 PRG2007 研究的任务 鉴定那些在样品间（A、B、C）改变了组成的蛋白。 测定样品间（A、B、C）蛋白的相对含量。 PRG2007 样品中的各蛋白及其含量 PRG2007 样品中的各蛋白及其含量 蛋白序列数据库 Demographics of the Participants 各个实验室应用的技术 定量的精密度和准确度 举例: Ubiquitin Color Indicates Method Used iTRAQ ICPL ICAT 18O Labeling Label Free Label Free + targeted SRM 2D-Gels (nonDIGE) 2D-DIGE Summary 样品中含有的12个蛋白，有2个是E. Coli蛋白，因基质就是E. Coli，所以大家都没有鉴定出来。剩余的10个是添加的外源蛋白。 排名最高（检出对的最多）的前3位全用的是Label-Free和Orbitrap（有精确质量），Thermo蛋白实验室还使用了H-SRM，结果也很好。 第一名——Label Free：10个对的，0个错的 第二名Thermo和Harvard医学院合作的BRIMS实验室——Label Free：9个对的，0个错的 第三名Thermo的蛋白实验室——Label Free：8个对的，1个错的 Summary续 稳定同位素标记的iTRAQ或ICAT结果并不好，16个实验室用了iTRAQ，只有1个