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教你使用NCBI_PDB数据库课件

;生物信息学 ;本章内容提要;1. DNA测序;基因组测序:两种方案;甜匪谴旷罚孕恕抑浚湿檀闭琼铂皿芒坪泉吁杏纸豹痔衔倔曼矾逞雄谊岛谰教你使用NCBI_PDB数据库课件教你使用NCBI_PDB数据库课件;2. 序列数据的存储;三大数据库之间的联系;GenBank中测序最多的20个物种;dbEST: 表达序列标签数据库;UniGene: An Organized View of the Transcriptom;Refseq数据库;;NCBI Gene;UniProt;Swiss-Prot Release 54.1;TrEMBL Release 37.1;3. 序列数据的文件格式;GenBank数据格式;GenBank的数据类型;UniProt数据格式;FASTA格式;4. 序列数据的查询;问题:;NCBI: BLAST;nucleotide blast;Megablast: 找基因序列;提交序列;NM_001168.2:Survivin;Survivin;Gene info: 17号染色体;功能注释:Gene Ontology;结论1;NM_001168.2:Survivin;Human Survivin!;获取蛋白质的序列信息;Survivin:142aa;结论2;获取FASTA序列;FASTA格式的序列;PHI-BLAST: find domain;填入蛋白质的FASTA序列;BIR domain;结论3;UniProt: 蛋白质数据库;在人中做BLAST??索;Survivin:O15392;Survivin的蛋白质信息;功能注释;结论4:功能分析;人的Survivin在酵母中有同源物吗?;提交序列;在酵母中进行序列比对;酵母BIR1: P47134;酵母BIR1的信息;结论5:;PDB:三级结构数据库;Survivin的三级结构信息;Raswin: 三级结构显示;总结;作业;问题:

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