双序列比对-课件.pptVIP

双序列比对;为什么要序列比对;蛋白质比对: 通常比DNA比对具有更丰富的信息;在一些情况下,比较核苷酸序列比较合适 在确认给定DNA序列和DNA数据库中的序列的一致性时 在有哪些信誉好的足球投注网站多态性时 在分析所克隆的cDNA片段的一致性时;同源性,相似性,一致性的概念;同源性： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。 就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。 ;相似性： 是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。 比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。 ;相似性和同源性关系;序列相似性比较和序列同源性分析;同源的蛋白质其同源性特征可能是直系同源(orthologous)或只是旁系同源(paralogous) 直系同源序列是不同物种内的同源序列，它们来自于物种形成时的共同祖先基因 旁系同源基因是通过类似基因复制的机制产生的同源序列;直系同源(orthology)是比较基因组学中最重要的定义。直系同源的定义是： (1)在进化上起源于一个始祖基因并垂直传递(vertical descent)的同源基因； (2)分布于两种或两种以上物种的基因组； (3)功能高度保守，甚至于其在近缘物种可以相互替换； (4)结构相似； (5)组织特异性与亚细胞分布相似 ; 旁系同源(paralogy)基因是指同一基因组(或同系物种的基因组)中，由于始祖基因的加倍而横向(horizontal)产生的几个同源基因。 例如鼠的a球蛋白和b球蛋白基因是paralogy ; 直系与旁系的共性是同源，都源于各自的始祖基因。其区别在于： 在进化起源上，直系同源是强调在不同基因组中的垂直传递，旁系同源则是在同一基因组中的横向加倍； 在功能上，直系同源要求功能高度相似，而旁系同源在定义上对功能上没有严格要求，可能相似，但也可能并不相似(尽管结构上具一定程度的相似)，甚至于没有功能(如基因家族中的假基因)。;双序列比对;替换 在比对结果是在同一位置上出现两个不同的氨基酸 插入,删除 发生于残基添加或消除时,比对中由一无效字符表示，加在一条或另一条序列中。 ;比对:全局和局部;局部比对有哪些信誉好的足球投注网站基本工具BLAST;BLAST是目前常用的数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序，它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，意为“基本局部相似性比对有哪些信誉好的足球投注网站工具” 基本局部比对有哪些信誉好的足球投注网站工具BLAST是NCBI中用来将一个蛋白质或DNA序列和各种数据库中的其他序列进行比对的主要工具. ;BLAST的应用;BLAST有哪些信誉好的足球投注网站步骤;二.选择BLAST程序 NCBI的BLAST程序家族包括5个主要的程序 blastp blastn blastx tblastn tblastx 后缀p表示蛋白质，n表示核苷酸，x表示一个DNA查询被动态的翻译成6种蛋白质序列，前缀 t表示翻译，就是将一个DNA数据库动态的翻译成6种蛋白质;程序名;三.选择数据库 ;;对于蛋白质数据库有哪些信誉好的足球投注网站（blastp和blastx），两个主要的选择就是nr数据库(非蛋白冗余数据库)和SwissProt 对于DNA数据库有哪些信誉好的足球投注网站（blastn，tblastn,tblastx）可供选择的有核苷酸nr数据库或者EST数据库 ;四.选择参数 1.Do CD-Search.该选项是关于保守结构域数据库的,它可以在一个蛋白质中找到保守的模块或结构域. 2.Limit by Entrez Query.任何NCBI BLAST 有哪些信誉好的足球投注网站的范围都可以用在Entrez有哪些信誉好的足球投注网站中使用的任何一种范围限定词来限定。 3.Composition-Based Statistics. 这个选项是默认选择的，一般来说可以改善E值的统计计算和提高灵敏度 ;4.选择过滤条件.过滤掉查询序列中具有较低复杂度的掩盖部分。 5.期望 期望值E是得分大于或等于某个分值S的不同的比对的数目在随机的数据库有哪些信誉好的足球投注网站中发生的可能性 6.字段长度 对于蛋白质有哪些信誉好的足球投注网站，窗口大小可以被设定为3或者2。当用一个查询序列来进行数据库有哪些信誉好的足球投注网站时，BLAST算法首先将查询序列分割成一系列具有特定长度的小的序列段 7.矩阵 对于blastp的蛋白质-蛋白质有哪些信誉好的足球投注网站有5种氨基酸替代矩阵 /Blast.cgi ;NCBI提供的Blast服务;Blast任务提交表单（一）;Blast任务提交表单（二）;Blast任务提交表单（三）;提交任务;结果页面（一）;结果页面（二）;结果