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§2.3 核酸序列相似性分析;内容提要;一、基本概念;相似性(similarity)： 是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。 一种很直接的数量关系，比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。 相似性本身的含义，并不要求与进化起源是否同一，与亲缘关系的远近、甚至于结构与功能有什么联系。; 同源性( homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。;相似性和同源性关系;序列相似性比较和序列同源性分析;二、相似性有哪些信誉好的足球投注网站;Blast简介（一）; Blast是一个序列相似性有哪些信誉好的足球投注网站的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。 下表列出了主要的blast程序。;主要的blast程序;Blast相关的问题;Blast资源;Blast结果给出的信息;两种版本的Blast比较（一）;单机版 单机版的blast可以通过NCBI的ftp站点获得，有适合不同平台的版本（包括linux，dos等）。获得程序的同时必须获取相应的数据库才能在本地进行blast分析。单机版的优点是可以处理大批的数据，可以自己定义数据库，但是需要耗费本地机的大量资源，此外操作也没有网络版直观、方便，需要一定的计算机操作水平。;本地WEB版的Blast;Blast程序评价序列相似性的两个数据;复膳帘虽迹张链潘异奢库釉州竿测缔行癣猿竭苏凄恿岔涣守存乓姜离侄售bioinformatics-3课件bioinformatics-3课件;NCBI提供的Blast服务（一）;NCBI提供的Blast服务（二）;Blast任务提交表单（一）;Blast任务提交表单（二）;比对结果在新的窗口显示;结果页面（一）;结果页面（二）;;具体步骤;其他的序列相似性有哪些信誉好的足球投注网站工具 －fasta;三、通过Blast发现序列的生物学的意义;通过blast发现序列的生物学意义;四、序列相似性检索的原则;完全匹配：前人的研究成果 部分匹配：进一步研究的价值 微弱匹配：常见 完全不匹配??新序列？;五、核酸序列双重比对与多序列比对;双重比对;多序列比对的意义;多序列比对工具－clustal;Clustalx的工作界面（多序列比对模式）;Clustal的工作原理;1.通过entrez随机获取一个蛋白激酶(protein kinase)的序列（核酸序列），然后通过blastn有哪些信誉好的足球投注网站该序列的同源序列。 2.尝试使用fasta有哪些信誉好的足球投注网站一序列的同源性，看看和blast的结果有什么不同。