材料计算与模拟6-simulation software.ppt

材料设计与模拟软件概述 Cerius2, Materials Studio, InsightII, Discovery Studio Modeling, Catalyst, Felix, QUANTA, Tsar, Topkat, GCG, Crystal Studio, ChemOffice… Matlab, Origin, MathCAD, Nestch Peak Separation, MDI Jade 5.0 1.专业软件 (1) Cerius2 Accelrys Molecular Simulation Inc. Accelrys has over twenty years of leadership in the delivery of computational science and informatics software to diverse RD organizations. Key product: Discovery Studio: integrated, PC-based simulation informatics for life science Materials Studio: integrated materials simulation on the PC Cerius2, Catalyst, Insight II, QUANTA: modeling for UNIX / Linux workstations Accord: cheminformatics suites On-line Information: (1) Cerius2 – 简介 1.材料科学软件功能简介　　Accelrys Cerius2软件运行于SGI IRIX工作站系统上，是Accelrys产品线中用于材料计算的主要平台之一，有十多年的产品开发历史，不仅界面友好易用，而且集成了全面的材料计算工具，包括分子力学、分子动力学、量子力学、Monte Carlo、统计力学以及介观动力学等多种计算方法。 　　1） 核心模块及图形界面　　2） 能量计算工具　　3） 材料性质模拟计算工具　　4） 介观模拟方法　　5） 量子力学计算程序　　6） 实验数据解析工具　　7） 统计相关方法　　8） 软件开发工具 (1) Cerius2 – 简介 2.生命科学软件功能简介 　　 众所周知，合理药物设计能够帮助医药研究机构加快药物发现的过程。美国Accelrys公司的药物设计软件，针对不同的研究状况，提供相应的解决方案：无论是在受体蛋白结构已知的情况下，还是在只了解部分有机小分子的情况下，都能够针对治疗目标，提供有效信息。这里介绍的Cerius2药物软件包，能够针对配体结构已知/未知、受体结构已知/未知、应用组合化学方法等几种情况，开始先导化合物的设计与优化。 　　 1） 分子模型构建与显示　　2） 分子力学与动力学计算工具　　3） 合理药物设计-QSAR和基于结构的药物设计　　4） 组合化学 (1) Cerius2 – 1）核心模块及图形界面 C2.Visualizer -- 软件核心模块及图形用户界面。Visualizer模块为构造、编辑、显示、分析三维分子结构模型提供了全面的模拟环境。结构模型构造工具 C2.Crystal Builder -- 用于建造及显示无机、高分子及分子晶体的结构模型，为进一步的结构研究及性质模拟提供基础 C2.Surface Builder -- 用于建造二维周期结构模型，可研究材料表面的结构、化学性质及互相作用。 C2.Interface Builder -- 用于建造、显示两种材料间的界面模型。可显示并研究复杂的结构性质，为更深入的模拟计算提供基础 (1) Cerius2 – 1) 核心模块及图形界面 C2.Polymer Builder -- 用于建造、显示高聚物的结构。系统提供了极丰富的单体数据库，用户亦可以自定义新的单体。可帮助研究人员了解和表征聚合物的结构。 C2.Amorphous Builder -- 建造无定形分子结构，包括高分子本体和高分子溶液的结构模型。结合模拟和分析工具，为深入了解无定形结构与性质之间的关系提供了强有力的工具。 (1) Cerius2 – 2) 能量计算工具 C2.OFF(Open Force Field) -- 提供Cerius2软件中性质预测模块所需的分子力场。软件提供了全面的力场数据库，适用的材料体系包括无机物、高分子、分子筛、有机金属化合物以及其他材料类型。 C2.FFE (Force Field Editor) -- 用户可采用力场数据库中的标准力场或自定义力场参数。也可采用文