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miRNA 相关知识集锦 miRNA 相关知识集锦(1) （完整的miRNA 调控基因沉默的机制图） 1.1 什么是pri-miRNA，pre-miRNA，mature miRNA? pri-miRNA：长度从几百到几千个碱基不等，带有5‘帽子和3’polyA 尾巴，以及 1 到数个发 夹径环结构。 （miRNA 微处理器pri-miRNA 结构特征图） pre-miRNA：pri-miRNA 在核酸酶Drosha 和其辅助因子Pasha 的作用下被处理成70 个核 苷酸组成的前体。 （pre-miRNA 结构特征图） mature miRNA：pre-miRNA 经进一步经过DICER 酶剪切，形成长度约为22 个碱基的单 链成熟miRNA。 （pri-miRNApre-miRNAmiRNA 加工流程示意图） 1.2 什么是miRNA 种子区（“seed”region）? 5’端2-8 个碱基被称为种子序列。 （miRNA 种子区域靶标结合的示意图） 1.3 miRNA 与 miRNA 靶标结合类型有哪些? miRNA 与miRNA 靶标结合主要有两类：5‘显性位点(5-dominant Site)和3’端补偿位点(3- compensatory Site) 。 5‘显性位点：满足经典种子区2-8 完全互补结合的方式。 （5-dominant Site ） 3’端补偿位点：5‘端并非满足2-8 经典完全互补，知识部分互补，这样3‘端补偿位点结合， 增强了miRNA 与标靶结合稳定性。 （3-compensatory Site ） 1.4 miRNA 命名与编号的方法和原则 1) miRNA(microRNA)成熟体命名规则( 以动物miRNA 为例) ①确定命名规则之前发现的miRNA(microRNA)，则保留原来名字，如hsa-let-7 。 ②miRNA(microRNA)成熟体简写成miR，再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿 拉伯数字，如hsa-miR- 122； ③高度同源的miRNA(microRNA)在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…)，如hsa-miR- 34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c 等； ④由不同染色体上的DNA 序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的 miRNA(microRNA)，则在后面加上阿拉伯数字以示区分，如hsa-miR- 199a- 1 和hsa-miR- 199a-2 ； ⑤通常一个miRNA(microRNA)前体长度大约为70~80nt，很可能两个臂分别产生 miRNA(microRNA) 。 以前的做法是： 表达水平较高的miRNA(microRNA)后面不加任何符号，而表达水平较低的 miRNA(microRNA)后面加上*号，如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA(microRNA)就根本 不出现。 而如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p 和hsa-miR- 26b-3p，分别表明从hsa-mir-26b 前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。 在以前的命名中，有时也会以“-s”和“-as”来命名，但现在已经取消了这种命名方式。 注意：miRBase 新版本对miRNA(microRNA)成熟体的名称进行了大量的修改，很多 带“*”的miRNA(microRNA)都变成了“-5p”或“-3p”。当然，新名称下面对应有其原来的名 称。 2) miRNA 编号及名称( 以动物miRNA 为例) miRBase 记录了miRNA(microRNA)前体序列及miRNA 成熟体序列，其中： ①miRNA(microRNA)前体 发夹状结构的miRNA(microRNA)前体转录本以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的 miRNA 122 的前体ID 为hsa-mir- 122，Accession 为MI0000442 。 ②miRNA(microRNA)成熟体 大约20～23nt 的miRNA(microRNA)成熟体以“miR”命名，其编号以“MIMAT”编号，如 人的miR- 122 有两个成熟体，其中之一ID 为hsa-miR- 122-5p ，Accession 为MIMAT0000421