Axiomreg; 水稻基因分型芯片.PDFVIP

DataSheet Axiom® 水稻基因分型芯片 协助水稻研究人员在水稻遗传学上获得新的突破 Axiom® 水稻基因分型芯片，同类产品中最高密度的芯片，让水稻研究者能够分析栽培稻（Oryza sativa ）中的全基 因组遗传变异。通过此芯片的高分辨率和出色的基因组覆盖度，研究人员如今能够轻松地分析世界各地水稻品种的自 然变异，以便确定重要表型性状背后的基因型（例如，高产），了解变异的遗传来源和相关的表型变化，并区分不同 品种，用于指纹图谱分析和分类。 Axiom® ® 1 水稻基因分型芯片包含GeneChip Rice 44k array 上的42,961 个标记 ，以及水稻基因组育种所用的全基因 2 组SNP 芯片（RICE6K）上5,499 个标记 。 特点 内容 ® ■ 来自GeneChip Rice 44k Array 的标记，兼容以往研究数据 ■ 旨在检测水稻主要类群当中及之间的常见遗传变异，包括籼稻、早中稻群（aus）、热带粳稻、温带粳稻和group V （“芳香”） ■ 还包括Yu 等研究者鉴定的水稻育种标记，用于有效的后代筛选 应用 复杂性状研究 ■ 灵活、快速的鉴定和种质资源分类 ■ 高产品种鉴定 ■ 全基因组关联定位和疾病相关基因的追踪 分子育种 ■ 适合水稻种质的指纹图谱分析、群体分离库的基因分型、种子真实性检测和遗传背景的选择 ■ 任何栽培稻品系的遗传变异分析 ■ 提供籼稻和粳稻之间以及籼稻和粳稻品种中的多态性信息 1 SNP 发现和选择 GeneChip® Rice 44k Array 的44,100 个SNP 是来自于2 个数据源的： Oryza SNP 项目的SNP，这是利用Perlegen Science 技术，基于寡核苷酸芯片的重测序项目，另一个是OMAP 项目中野生品种的BAC 克隆的Sanger 测序数据。 Zhao 等研究者介绍了标记选择的整个过程。44,000 个标记确保了在水稻的12 条染色体上，约每10 kb 就有1 个SNP。 Yu 等研究者描述的5,499 个标记是为水稻育种过程中有效的后代筛选而特别选择的，基于两方面的考虑，遗传背景选择 和目标基因的基因分型。这些标记平均分布在12 条染色体上，其平均密度为每1 Mb 有12 个SNP。 分析 Axiom® 水稻基因分型芯片的数据可利用Axiom Analysis Suite Software 来分析。SNP 数据可根据Axiom® 基因分型方 案数据分析用户指南的补充最佳实践（P/N 703083）来过滤。 参考文献 1. Zhao K., et al. Genome-wide association mapping reveals a rich genetic architecture of complex traits in Oryza sativa. Nature Communications 2:467 (2011). doi:10.1038/ncomms1467 2. Yu H., et al. A whole-genome SNP array (RICE6K) for genomic breeding in rice. Plant Biotechnology J ournal 12(1):28–37 (2014). 订货信息 Part number Description Details 550625 Axiom® Rice Genotyping Array Contains one plate with 96 arrays 901606 Axiom® ® ® GeneT itan Consumables Kit Contains all GeneT itan Instrument consumables to process one 96-format array plate 901758 Ax