南方红豆杉ggpp 合酶基因的克隆与生物信息学分析 - 天恩泽.pdfVIP

第30 卷第5 期 食 品 与生 物 技 术学 报 Vol.30 　No.5 　 　　　　　　　 2011 年9 月 Journal of Food Scienceand Biotechnology 　　　　　　　 Sept 　20 11 　:1673-1689(20 11)05-0728-06 南方红豆杉GGPP 合酶基因的克隆与 生物信息学分析 1, 2 1, 2 1, 2 2 ＊1, 2 韩飞 , 　康林芝 , 　郭丽琼 , 　陈晓阳, 　林俊芳 (1.华南农业大学 食品学院, 广东 广州510640;2 .华南农业大学 生物质能研究所, 广东 广州 510640) 　:根据GeneBank 中公布的GGPPS 基因保 区设计特异引物,克隆南方红豆杉 GGPPS 基 因的DNA 和cDNA 序列,并通过生物信息学方法对其核苷酸序列和蛋白质结构进行分析预测。 结果表明,GGPPS 基因DNA 和cDNA 序列都为 1 182 bp,DNA 序列中无内含子,cDNA 序列为 一个编码393 个氨基酸残基的开放式阅读框;GGPPS 的理论相对分子质量为42 590, 等电点为 5.68。核苷酸同源性分析显示, 它与 Tax us canad ensis (AF081514)同源性为98.8 %;推导出的氨 基酸序列与 Tax us canadensis (AAD16018 )同源性达 99.0%。 利用 Protparam 、SignalP、 ProtScale、SOPM A 、Sw iss-M odeling、Scan Prosite 和M EGA4.0 等生物信息学工具分别对其理化 性质、信号肽、疏水性、亲水性、二级结构、三级结构和进化树进行分析, 为其功能研究和生物合成 紫杉醇研究提供分子基础。 :南方红豆杉;GGPPS;克隆;序 分析 :Q 785 :A Molecular Cloning and Sequence Analysis of Geranyhlgerany Pyrophosphate Systhase from Tax us wall ichiana var.Mairei 1, 2 1, 2 1, 2 HAN Fei , 　KANG Lin-zhi , 　G UO Li-qiong , 2 ＊1, 2 　CHEN Xiao-ang , 　LIN Jun-fang (1.College of Food Science, South China Agriculture Universit , Guangzhou 5 10640, China;2.Institute of Biomass Energ , South China Agriculture Universit , Guangzhou 5 10640, China) Abstract:In this stud , the DNA sequence and cDNA sequence of ggpps were cloned from Tax us w a l lichi ana var.M airei.Results showed that the length of both DNA and cDNA sequences is 1182 bp, w ithout introns, contained an opening reading frame of 1182 bp, w hic