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Discovery Studio 課程資訊 課程簡介: Discovery Studio(DS)為美商 Accelrys 公司針對生命科學領域，所開發的專業性研究軟體。DS 可讀取多種不同格式之檔 案，並具客製化之功能，DS 使用介面提供使用者明瞭、易懂的操作環境，加速生命科學領域研究之發展。DS 主要功 能有: 1. 比較蛋白質間之序列，並根據序列的相似程度，推測蛋白質之功能。 2. 建構和修改核酸、蛋白質以及多胜肽之結構，可計算分子表面之靜電力場和溶媒能。 3. 根據同源蛋白質之 3D 結構，自動、快速地進行目標蛋白質結構之建模。 4. 藉由同源蛋白之序列與結構訊息，了解目標蛋白質之功能與分類，並進一步製做樹狀圖，進行物種演化之分析。 5. 透過 CHARMm 進行古典力學與分子動力學之計算，研究大、小分子的能量與變化性。CHARMm 可與 DS 之其它模 組搭配，完成各種模擬計算，例如: 蛋白質、小藥物對接程式 CDOCKER。 6. 利用小片段資料庫，配合蛋白質結構資訊，設計新的藥物或對已存在之藥物進行結構改造，篩選出具有潛力之藥物 小分子後再進行合成。 7. 可將小藥物分子與受體的活性口袋進行對接，了解對接位向。搭配小分子資料庫與平行化計算技術，可進行藥物結 合可能性之高速篩選(Virtual High-Throughput Screening)。 8. 預測小藥物分子的吸收、分佈、代謝路徑、分泌以及毒性。 9. 預測蛋白和蛋白結合位向。 本課程主要介紹 DS2.5 之必威体育精装版功能並帶領以下內容之實機演練： 一、DS2.5 可處理各種大、小分子之理論模擬計算，並提供分子結構、交互作用、能量等資訊。 二、DS2.5 提供以分子結構為基礎之交互作用性預測功能，包含: Ligand-Protein Docking、Protein-Protein Docking。 課程大綱: 一、Discovery Studio 2.5 版本 (DS2.5) 之新功能介紹與進階功能操作教學 (實機演練) 二、實機演練 Ⅰ、Ligand、Protein、DNA 建造 操作教學 Ⅱ、Ligand-Protein Docking 操作教學 Ⅲ、Protein-Protein Docking 操作教學 開課資訊: 總時數 上課日期/時間 上課地點 / 講師 費用 / 名額 2010/2/5(星期五)上午 9:00 至 12:00 212/ 6 小時 500 元 / 45 人 2010/2/5(星期五)下午 1:30 至 4:30 分子視算/林進中 *適合對象:生物資訊與結構生物學暨藥物結構設計之研究人員 Materials Studio 課程資訊 課程簡介: MS 是美商 Accelrys 科學商智軟體公司為材料科學領域所專門設計開發之一套專業計算研究軟體。對於化學、材料、化 工工業等所面臨的的一系列重要問題，提出一套完整的解決方案。MS 包含以多種先進計算方法理論所發展出來之各式 功能模組，使得 MS 成爲一個強而有力的模擬平台。本課程主要介紹 MS5.0 之必威体育精装版功能並帶領以下模組之實機演練： 1. MS Visualizer︰提供建造晶體、分子、表面以及高分子材料結構模型所需要之工具，包含分析結構模型，處理圖表、 表格或文字等形式資料，並以統一之操作介面發動 MS 各模組之運算。 2. MS CASTEP︰先進之量子力學程式，廣泛應用於陶瓷、半導體、金屬等多種材料，可研究晶體塊材（半導體、陶瓷、 金屬、沸石等）、表面和表面重構之性質、表面化學、電子結構（能帶及態密度）、晶體的光學性質、點缺陷性質（如 空位、間隙或取代摻雜）、擴展缺陷（晶粒間界、位錯）、三維電荷密度、拉曼光譜等。 3. MS Discover︰先進之分子力學程式。使用分子力學和分子動力學方法，並透過數種