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GPU集群Torque排队系统使用手册
多媒体计算与通讯实验室
GPU 集群Torque 排队系统使用手册
袁平波 2016.5.20
本实验室新购进24 块K80 tesla GPU。为了充分利用GPU 计算资
源,我们利用Torque 来管理同学们的计算任务队列。头结点的IP 是
40。下面说明使用本GPU 集群的几个步骤。
1. 申请帐号.
本集群有一个头结点和多个服务结点构成,因此提交计算
作业需要在头结点上拥有帐号,需要使用集群的学生需要给我
发一个申请邮件,同时cc 给自己的导师,在导师批准后相应
的帐号会被建立。
2. 建立job 脚本文件
Torque 管理系统不能直接提交二进制可执行文件,需要编
写一个文本的脚本文件,来描述相关参数情况。一个示例脚本
文件myjob1.pbs 如下:
#PBS -N myjob1
#PBS -o /home/username/myjob1.out
#PBS -e /home/username/myjob1.err
#PBS -l nodes=1:gpus=1:S
#PBS -r y
cd $PBS_O_WORKDIR
echo Time is `date`
echo Directory is $PWD
echo This job runs on following nodes:
cat $PBS_NODEFILE
cat $PBS_GPUFILE
./my_proc
脚本文件中定义的参数默认是以#PBS 开头的。其中:
-N 定义的是job 名称,可以随意。
-o 定义程序运行的标准输出文件,如程序中printf 打
印信息,相当于stdout;
-e 定义程序运行时的错误输出文件,相当于stderr。
-l 定义了申请的结点数和gpus 数量。nodes=1 代表一
个结点,一般申请一个结点,除非采用mpi 并行作业;
gpus=1 定义了申请的GPU 数量,根据应用实际使用的gpu
数量来确定,S 表示job 类型,后面有详细描述。队列系统
的默认job 请求时间是一周,如果运行的job 时间估计会
超过,则可以使用下面的参数:
#PBS -l nodes=1:gpus=1:S,walltime=300:00:00
表示请求300 小时的job 时间。
-r 表示job 立即执行。
my_proc 是用户的可执行程序。需要通过scp 或winscp
复制到自己的home 目录。如果程序运行过程中需要读取数
据文件和生成数据文件,也需要在运行前后上传和下传。
后面的cat 和echo 信息是打印出时间、路径、运行节点及
GPU 分配情况等信息,便于调试。
3. 提交作业 :qsub
$qsub myjob1.pbs
myjob1.pbs 是前一步骤生成的脚本文件。相应可执行
文件和数据文件也必须就位。
4. 查看作业:qstat -n
上图中165 是jobid 运行状态有以下几种状态:
C - Job 已经运行结束
E - Job 运行结束后退出
H - Job 被挂起
Q - job 被排队, 可被手动启动或路由
R - job 在运行中.
T - job 被移动
W - job 等待其执行时间到来
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