疾病风险通路识别与功能分析.pptVIP

软件安装 安装R / 安装iSubpathwayMiner 一、install.packages(iSubpathwayMiner) 二、到网站下载软件包，及依赖包，然后选择从本地zip文件安装程序包 /web/packages/iSubpathwayMiner/index.html 三、选择R中的程序包菜单中的安装程序包 三、选择程序包中的安装程序包 iSubpathwayMiner应用 识别抗肿瘤药物紫杉醇(Paclitaxel)在子宫颈癌中的活性子通路 iSubpathwayMiner应用 构建全局的疾病和子通路关联网络 应用扩展研究 Snp 类风湿病的钙信号子通路识别 药物应答子通路的大 规模构建 14类药物 488个药物 433个子通路 3925个药物应答子通路关系 其他课题组和研究机构使用iSubpathwayMiner平台的案例 Comprehensive analysis of microRNAs in breast cancer A Sub-Pathway Based Method to Identify Candidate Agents for Ankylosing Spondylitis （强直性脊柱炎 ） a meta-analysis of the neurotoxic effects of RDX among multiple species using toxicogenomics Dissection of human MiRNA regulatory influence to subpathway Identification of links between small molecules and miRNAs in human cancers based on transcriptional responses 被两个综述杂志文章评论。 Bioinformatics and systems biology of the lipidome. Chem Rev. 2011 Oct 12;111(10):6452-90 Systems Pharmacology to Predict Drug Toxicity: Integration Across Levels of Biological Organization. Annual Review of Pharmacology and Toxicology Vol. 53: 451-473 (Volume publication date January 2013) Sci impact factor: 21.639 Sci impact factor: 40.197 K-cliques方法的局限性 差异基因没有参与 子通路的定位 忽视代谢子的作用 子通路冗余度大 无法识别线性和其它 不规则子通路 Subpathway-GM方法 计算任意两个标签（差异）节点间的（有向）最短路径。如果在路径上的非标签节点数小于n，那么两个标签节点和在该最短路径上的其它节点（非标签节点）将归属于同一个子通路。 方法参数n：最短路径的最大间隔节点数 s：子通路中的最小规模 Subpathway-GM方法步骤总结 1）转化通路为蛋白质（或酶、代谢子） 作为节点的图。 2）注释兴趣分子（例如：疾病差异基因或代谢子）到通路图中，然后定义被注释到的节点为标签节点（signature nodes）。 3）定位子通路。对于每个包含标签节点的通路，计算任意两个标签节点间的最短路径长度。 如果在两个标签节点间的最短路径长度小于等于n+1（n为路径中最大允许的非标签节点数），那么两个标签节点和在该最短路径上的其它节点（非标签节点）将归属于同一个子通路。 4）重新注释兴趣分子到子通路图中，使用超几何检验评估子通路的显著性。 犬尿氨酸 色氨酸 组氨酸代谢通路中的组胺子通路高度与前列腺癌的恶性转移相关 子通路分析平台 /SubpathwayGM 引用说明 使用iSubpathwayMiner请引用论文： SubpathwayMiner: a software package for flexible identification of pathways. Nucleic Acids Research 2009, 37(19): e131. Subpathway-GM: identification of metabolic subpathways via joint power of interesting genes and metabolites and their top