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生命科学趋势 生命科学论坛精华专题 - 16969 - 2003 年12 月 第1 卷 第4 期 Trends in Life Sciences 关于芯片 About Microarray 生物芯片版块一直是生物谷()和中国生命科学论坛 () 的特色版块，自成立以来受到了大家的关注，芯片往往被 大家认为是很神秘的东西，但是到现在为止大家已经很客观的认识这一新的事 物。这次的整理工作，使得我们了解到论坛上的一些芯片高人们，令狐、辉瑞、 yog 、用芯游荡、coler2000 都是芯片界的高人，或者可以说是对芯片发展很有想 法的高人们，读了他们的帖子，想您一定会收获颇多的！ 一、有关芯片的资源 1、基因芯片的数据分析：（legionella ） Terry Speed 实验室的网站是必去和必读的。 /users/terry/zarray/Html/ 如果全部读了他们的资料和文献之后，你应该在这个领域相当专家了。个人觉得，要从 芯片实验中获得最大的信息，在一个统计的平台上分析，数据是必不可少的，商业软件对数 据的处理太死板了。这方面，开放软件的R 平台和 S-plus 语言可以说是非常强大的。已经 有一些最前沿的专家在R 平台上开发通用的各类bioinformatics 应用了，尤其是芯片数据分 析。这就是bioconductor project. 。 / / /products/product.asp?PID=3 免费的学生版： /splus/ 这两个可称得上是基因芯片大全的网站： .hk/%7Eb400559/array.html / 这个地方收录的文献我认为是最全面的了： /wli/microarray/ 现在核酸芯片的技术在经过了几年商业化发展之后，提供的产品质量已经相当不错了。 Affy 的合成芯片，还有Rosette 和Agilent 借用喷墨打印机的制造技术，都是将来发展的方 向，就是成本最好再降一些。 2、Microarray 分析方法进展 （bioon ） /dispbbs.asp?boardID=78ID=21531 （下载） 3 、HLA 基因分型芯片 （bla 大师） /dispbbs.asp?BoardID=78replyid=id=17052star=5skin=0 4、14 种常用表达谱芯片数据分析算法：（令狐） 1）Hierarchical clustering Eisen, M.B., P.T. Spellman, P.O. Brown, and D. Botstein. 1998. Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:14863-14868. ———————— [整理日期]：2003—12—25 关于芯片 About Microarray 2 ）k-means clustering Soukas, A., P. Cohen, N.D. Socci, and J.M. Friedman. 2000. Leptin-specific patterns of gene expression in white adipose tissue. Genes Dev. 14:963-980. 3 ）Self-organizing maps Kohonen, T. 1992. Self-organized formation of topologically correct feature maps. Biol. Cybernetics 43:59-69. Tamayo, P., D. Slonim, J. Masirov, Q. Zhu, S. Kitareewan, E. Dmitrovsky, E.S. Lander, and T.R. Golub 1999. Interpreting patterns of gene expression with self-organizing maps: