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Bowtie2用法祥解 懒人必看 对参考序列构建index $ bowtie2-build genome.fasta index 尝试使用前10000个reads进行比对 $ bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1 reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam 使用8个线程进行比对 $ bowtie2 -p 8 -x index -1 reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam 比对的sam结果中添加了read group信息 $ bowtie2 -p 8 --rg-id sample01 --rg PL:ILLUMINA --rg SM:sample01 -x index -1 reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam 常用的参数进行比对，可以更改其中的参数获得更好的结果 $ bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x bt2-idx {-1 m1gt; -2 m2 | -U r} -S [hit] 用法： bowtie2 [options]* -x bt2-idx {-1 m1 -2 m2 | -U r} -S [hit] bowtie2-build用法 bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。 $ bowtie2-build fasta文件 要生存的索引文件前缀名 必须参数： -x bt2-idx由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻，然后 在环境变量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。 -1 m1双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和-2 m2中制定的文件一一对应。比如:-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq,flyB _2.fq.测序文件中的reads的长度可以不一样。 -2 m2双末端测寻对应的文件2. -U r非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。测序文件中的reads的 长度可以不一样。 -S hit所生成的SAM格式的文件前缀。默认是输入到标准输出。 以下是可选参数： 输入参数 -q输入的文件为FASTQ格式文件，此项为默认值。 -qseq输入的文件为QSEQ格式文件。 -f输入的文件为FASTA格式文件。选择此项时，表示--ignore-quals也被选择了。 -r输入的文件中，每一行代表一条序列，没有序列名和测序质量等。选择此项时，表示-- ignore-quals也被选择了。 -c后直接为比对的reads序列，而不是包含序列的文件名。序列间用逗号隔开。选择此项时， 表示—ignore-quals也被选择了。 -s/--skip int input的reads中，跳过前int个reads或者pairs。 -u/--qupto int只比对前int个reads或者pairs（在跳过前int个reads或者 pairs后）。Default: no limit. -5/--trim5 int剪掉5端int长度的碱基，再用于比对。(default: 0). -3/--trim3 int剪掉3端int长度的碱基，再用于比对。(default: 0). --phred33输入的碱基质量等于ASCII码值加上33.在最近的illumina pipiline中 得以运用。最低碱基质量是“#”。 --phred64输入的碱基质量等于ASCII码值加上64.最低碱基质量是“B”。 --solexa-quals将Solexa的碱基质量转换为Phred。在老的GA Pipeline版本中得以 运用。Default: off. --int-quals输入文件中的碱基质量为用“ ”分隔的数值，而不是ASCII码。比如40 40 30 40...。Default: off. –end-to-end模式下的预设参数 --very-fast Same as: -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50 --fast Same as: -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50 --sensitive Same as: -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (default in --end-to-endmode) --very-sensitive Same