电离辐射相关低密度寡核苷酸基因芯片的制备论文.docVIP

　　电离辐射相关低密度寡核苷酸基因芯片的制备论文 郭万峰，王升启，黄坚，郭国祯 【关键词】 肺癌 Fabrication of loicroarray 【Abstract】 AIM: To fabricate an oligonucleotide microarray applied to ionizing radiation. METHODS: According to the genes reported previously in radiation responses and their family genes or related genes, oligonucleotide microarray RNA sequences of these genes the GenBank. Specific probes and spotted onto aldehydecoated glass slides using Cartesian Pix sys 3000 spotter in our laboratory. Using this microarray, ation of microarray data, semiquantitative RTPCR ed on four genes. RESULTS: Loicroarray age and repair, apoptosis and proliferation, together icroarray. Four genes the microarray data, even though the value for each mRNA level might be different beteasurements. CONCLUSION: The radiationrelated oligonucleotide microarray can be used to investigate the differentially expressed genes in different radiosensitive cancer cells and provide a platform for radiation research. 【Keyicroarray; ionizing radiation; lung neoplasms; cell line, tumor 【摘要】 目的: 构建一种适用于辐射研究领域的低密度寡核苷酸基因芯片. 方法: 根据以往的研究报告，筛选参与辐射生物效应的基因和相关基因，从GenBank获取mRNA序列，使用Mprobe软件设计特异的探针，构建低密度辐射相关的基因芯片.在不同辐射敏感性肺癌细胞系中对该芯片的灵敏度和特异性进行评价.freelersham公司);RNasin (Promega公司);dNTPs (Invitrogen公司); ImPromIITM逆转录系统(Promega公司);引物为实验室自行合成（表1）.表1PCR引物（略） 1.2方法 1.2.1辐射相关基因的选择及芯片设计根据辐射生物学效应和国内外的相关文献，选择了部分与辐射效应相关的人类细胞凋亡基因、细胞周期基因、DNA损伤修复基因、应激信号途径基因作为候选基因.芯片质控采用定量阳性对照和定量内标看家基因、阴性对照，对逆转录、杂交过程进行检测和结果分析.芯片包括143个基因，其中含定量阳性对照荧光素酶基因3个基因，定量内标看家基因11种（aldolase B,ribosomal protein S28,malate dehydrogenase 2, SDHC, 23 kd highly basic protein, ribosomal protein S9, α tubulin, βactin, ribosomal protein L32, GAPDH和ALB），阴性对照为两种水稻EST序列（AU182426和AU182425）. 1.2.2寡核苷酸芯片的制备从GenBank中查询所有候选基因的mRNA序列，用大规模寡核苷酸探针设计软件Mprobe进行探针设计［7］，探针长度为40nt，GC含量45％～55％，自身无二级结构. BLAST分析，筛选出基因特异的寡核苷酸探针. 在AB18909 DNA合成仪上进行寡核苷酸的合成.采用标准亚磷酰氨化学方法,5′或3′氨基修饰用NMMTr6氨己基2氰乙基N′,N′ 二异丙基亚磷酰氨(自制),在合成后的最后一步引入.合成完毕后浓氨水55℃脱保护/切割15 h,OPC柱纯化.分光光度计DU640检测寡核苷酸探针的浓度，用3×SSC稀释成0.5 g/L.用Pix sys 7500芯片制备仪将寡核苷酸点到